近年来,我国处于经济结构转型阶段,在各项新政策之下,科技创新型企业的发展也迎来了新一轮机遇,并购活动也愈发活跃,与此同时,也在不断积累着各种矛盾和问题,因此其未来的发展也面临着挑战。本文以并购动机理论为理论基础,包括并购浪潮理论、协同效应理论和市场势力理论,根据科技型企业间并购现状,采用多案例分析的方法,从安科生物并购苏豪逸明、阿里巴巴并购高德地图、南风股份并购中兴装备三个案例出发,探究得出其并购动因的相同之处包括:(1)扩大业务规模、发挥经营协同优势;(2)为实现战略布局节省研发时间;(3)提升盈利能力;(4)获得关键技术和人才,提高市场竞争力以及追求更高的行业地位。基于以上并购动因,本文结合绩效评价方法选取了财务指标和非财务指标结合的方式构建了新的评价体系,从运营效率、盈利能力、成长能力、市场占有率等角度得出结论:在体现协同效应的指标上,三个案例公司销售费用率均出现下降的情况,下降幅度不等,总资产周转率或者流动资产周转率中的至少一个指标得到了提升;在节省研发时间方面,研发时间缩短或者直接获得了产品或技术从而不需要额外的研发时间,新产品数量也有所增多;在盈利能力和成长能力方面,三个案例公司相关指标有上升也有下降,其中安科生物因为产品类型比较相似,没有涉及转型问题,盈利能力成长良好,盈利水平逐年提高,但是阿里巴巴和南风股份均在并购后的第一年各项指标出现下跌,盈利水平受其他因素影响较大,出于提升盈利能力的并购动因的完成效果并不理想;在提高市场竞争力方面,三个案例公司主营业务的规模均有增长,市场占有率有所提升。综上所述,并购活动在寻求经营协同优势、节省研发时间和提高市场竞争力方面均产生了一定的积极影响,但是出于提升盈利能力的动因实现程度较低,基本上没能达到预期对盈利能力和成长能力的提升。最后讨论了并购后企业盈利能力提升不显著的原因,在三个案例的综合分析下,期望为科技创新型企业的并购活动提供一定的参照。