农户利益补偿问题是耕地保护中的一个关键问题。本文按照“为什么要补偿—补偿多少—怎么补偿”的总体思路对农户利益补偿问题进行了理论分析和实证分析。通过对农户行为影响因素及对农户利益损失分析,可以发现农户在耕地保护中扮演着重要的角色,包括正负两种性质的角色,而且农户的利益损失严重。基于食物安全、社会稳定、城乡协调发展的战略考虑,必须对在耕地保护中的农户利益进行合理有效的补偿。这便回答了基本问题一:为什么要补偿?耕地保护中涉及到很多的利益主体。本文以征地为例,运用讨价还价的博弈模型对地方政府和农户之间关系进行分析,并推导出征地中两者间单位耕地面积的经济利益均衡值。这便回答了第二基本问题:补偿多少?之后,本文尝试以耕地保护中农户利益为主线,以四种补偿模式为框架,以补偿的目标、原则、方式、程序和评价为基本要点来构建耕地保护中农户利益补偿体系,以尝试回答本研究中的第三个基本问题:怎样补偿?最后,基于实地问卷调查和统计数据,对伊宁市英也尔乡征地中农户利益补偿问题的进行了实证性研究。通过研究,初步证实博弈模型的建立和补偿体系的架构对耕地保护具有较为重要的现实意义。