我国市场体制还不完善,上市公司治理结构存在不足,对关联交易的规范还未形成体系,以致上市公司利用非公平关联交易进行利润操纵,大股东及其他关联方利用非公平关联交易攫取上市公司利益的现象时有发生。因此,寻求一种新的方式,对大股东形成更有效的约束成为当务之急。机构投资者是近二十年发展起来的新兴投资力量,随着机构投资者的壮大,越来越多机构投资者参与到公司治理中,加强对非公平关联交易的监督,以抑制大股东的侵占行为。但各国的机构投资者所处的制度背景和环境不同,其监督成本也不同。监督成本的存在使得这种抑制效果受到了限制。为探究我国机构投资者的股权制衡力量和外部监管作用,以规范机构投资者参与上市公司治理的相关规定,从而保护我国中小投资者的合法权益,促进证券市场的健康发展。本文首先分析了我国制造业A股上市公司的非公平关联易和机构投资者持股的特征,其次以2006-2011年沪深两市制造业A股上市公司为研究样本,分析机构整体持股对索取型与付出型非公平关联交易的抑制效果；机构异质性对索取型与付出型非公平关联交易的抑制效果的差异以及机构持股期限对索取型非公平关联交易抑制效果的影响。实证结果表明：(1)机构整体持股能降低索取型非公平关联交易,却促进了付出型非公平关联交易,机构投资者整体持股比例越大,关联方利用非公平关联交易向制造业上市公司输送的利益越大；(2)机构的异质性会对非公平关联交易的抑制效果产生不同影响,其中QFⅡ对非公平关联交易的抑制效果最显著,证券投资基金和社保基金居中,而保险公司、信托公司和一般法人机构的抑制效果最差；(3)持股一年以上的机构股东和新增机构投资者都能抑制关联方利用非公平关联交易索取上市公司的利益,但是前者的抑制效果更明显。