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水稻矮杆基因的挖掘和利用为水稻增产做出了巨大的贡献，半矮杆基因sd-1的应用对水稻生产的增长起了巨大的作用。到目前为止，已鉴定了多个水稻矮化突变体，但多数未能在实际育种中得到广泛应用。当前在水稻育种中利用的矮源主要是携带sd-1基因的半矮杆材料，但是同一矮源的广泛使用，潜伏着由遗传单一而带来的风险。挖掘、鉴定和利用新的矮源，增加矮源的遗传多样性极为必要。研究结果已表明，赤霉素(gibberellin，GA)和油菜素类固醇(brassinosteroid，BR)与水稻株高有密切的关系。至今为止，已鉴定了多个与GA或BR相关的矮化突变体，并分离了许多与GA或BR合成或信号转导相关的基因，为新矮源的挖掘和利用提供了新的资源。
本研究在前人研究的基础上，用与两个粳稻品种农垦58和日本晴杂交而构建的F2群体和早先与广亲和品种02428杂交而构建的F2群体的扩大群体对dwarf69进行精细定位；对水稻矮化突变体dwarf69-6的表型进行了进一步的考查，对比分析了dwarf69-6与原种特光矮2号(TGA-2)对GA、BR反应的异同；并采用基因芯片方法对dwarf69-6和TGA-2进行基因表达差异分析。取得的主要结果如下：
l、以dwarf69-6为母本，两个粳稻品种农垦58和日本晴为父本进行田间杂交，构建了2个大小分别为894株及2547株的F2分离群体，用于突变座的定位分析。与已有的dwarf69-6×02428的F2分离群体，共3个不同群体的定位结果在一定程度上相互印证，并最终将dwarf69突变座定位于第3染色体上标记L5DPM40039和儿80601之间。两个标记在dwarf69-6×02428F2分离群体中与突变座dwarf69的重组值分别为O．15和0．05。与周峰(2004)的结果相比，左侧进了一个BAC／PAC克隆，即由OSJNBa0036G02前进到OSJNBa0032G21，而右侧未取得明显进展。
2、用不同浓度外源GA3和内源赤霉素合成抑制剂烯效唑、多效唑处理dwarf69-6和TGA-2在种子萌发后长成的幼苗，苗高和第二叶鞘长度的调查结果表明外源GA3的施用对两者均有促进作用，但它们对GA3及内源赤霉素合成抑制剂的反应无明显差异；用不同浓度外源油菜素内酯(brassinolide，BL，BR中在植物体含量和活性最高的一类)处理的结果也显示dwarf69-6和TGA-2对BL的反应无明显差别。
3、通过幼苗时期的考查，突变体dwarf69-6和原种TGA-2在种子萌发后第3天植株表型开始出现差异，据此选用发芽后一天的幼苗为材料提取RNA，用水稻基因芯片分析两者基因表达的差异。结果显示零重组区有56个探针在突变体和原种之间检测的信号存在差异，其中差异达2倍或2倍以上(SLR绝对值大于或等于1)的有15个，生物信息学分析表明，这15个探针相应的基因主要涉及基本的物质代谢和抗逆性应答。基因芯片的结果也显示，与原种相比，突变体基因组内有32个锌指蛋白相关基因在种子萌发后一天表达发生了变化。对其中部分基因(SLR>I．4或SLR<．1．5)的实时荧光PCR分析表明，所分析的基因在突变体和原种间确实存在着表达差异，结果与芯片分析结果相吻合。