本论文对湖北省山羊主要寄生蠕虫开展分子流行病学调查方面的研究。论文主要包括文献综述,描述已取得成果的八个章节以及讨论。文献综述发现了一些需要解决的问题(第一章),这些问题主要包括山羊寄生虫分子流行病学调查、山羊寄生虫的分子鉴定与诊断以及山羊线虫的抗药性。本研究的目的是针对这些需要解决的问题开展相关方面的研究,包括:(1)通过对湖北省山羊寄生蠕虫的调查明确其流行情况;(2)对调查中发现的重要前后盘吸虫开展线粒体基因组的研究,为今后的分子流行病学、种群遗传结构以及遗传进化分析的研究提供更多的分子标记;(3)针对优势虫种捻转血矛线虫建立环介导等温扩增检测方法用于捻转血矛线虫病的特异性诊断;(4)同时,对湖北省山羊消化道线虫的抗药性进行调查,为该地区山羊寄生蠕虫病的防控提供参考。结合形态学检测技术及基于PCR的DNA测序方法对张港镇(第二章)及罗田县(第三章)放牧山羊寄生蠕虫感染情况进行调查,结果表明山羊寄生蠕虫,尤其是消化道线虫,全年都维持在较高的感染水平,线虫在2月份、5月份、9月份和12月份会出现感染的小高峰;吸虫感染主要出现在3-8月份,这可能与中间宿主螺蛳的活动相关;绦虫感染没有明显的季节动态。山羊寄生蠕虫主要包括捻转血矛线虫、蛇形毛圆线虫、奥斯特线虫、鞭虫、粗纹食道口线虫、前后盘吸虫、矛形双腔吸虫、肝片吸虫、胰阔盘吸虫、细颈囊尾蚴和扩展莫尼茨绦虫,优势虫种为捻转血矛线虫、前后盘吸虫及细颈囊尾蚴。针对重要前后盘吸虫长菲策吸虫(第四章)、荷包腹带吸虫(第五章)及野牛平腹吸虫(第六章)开展线粒体基因组的测序与分析,为后续的分子流行病学、种群遗传结构以及遗传进化分析的研究提供有用的分子标记。结果表明长菲策吸虫、荷包腹袋吸虫及野牛平腹吸虫线粒体基因组具有相同的基因排序,并且,基于线粒体全基因组的遗传进化分析表明三种前后盘吸虫与鹿前后盘吸虫的亲缘关系最近,这与它们在分类学上的关系相一致(第四至六章)。针对优势虫种捻转血矛线虫核糖体第二内转录间隔(ITS-2)建立了环介导等温扩增检测方法,并将该方法用于生产实践中捻转血矛线虫病的诊断,结果表明该方法具有操作简便、灵敏度高、特异性强及省时的优点(第七章)。在山羊寄生蠕虫调查过程中,发现驱虫药的超剂量使用在山羊驱虫过程中十分普遍,尤其是伊维菌素。为了验证是否存在抗药性,结合粪便虫卵计数减少实验(FECRT)及死后剖检在湖北省张港镇及罗田县放牧山羊中开展抗药性的调查,结果首次证明张港镇(第八章)和罗田县(第九章)山羊消化道线虫存在苯并咪唑、左旋咪唑及伊维菌素抗药性。本研究对于湖北地区山羊寄生蠕虫流行病学调查、重要吸虫分子生物学特性及抗药性检测等方面的研究具有重要的意义。本研究的结果为湖北省山羊寄生蠕虫的后续研究及其防控提供参考(第十章)。虽然本研究主要关注山羊优势寄生蠕虫,但本研究的结果对于我国其它家畜寄生蠕虫的系统研究具有借鉴意义。