工业化和城市化的快速推进使得人类活动对生态系统的影响日益增大。随着一系列生态环境问题的出现与人们环保意识的不断增强，尊重自然、促进人地和谐发展逐渐成为全社会关注的重要议题。2011年国家正式公布全国主体功能区规划，明确国土空间的开发与保护分工格局，以期促进人口、经济、资源环境协调发展。生态补偿作为协调经济发展与环境保护，平衡不同主体功能区之间利益关系的有效手段，是主体功能区规划顺利实施，实现区域可持续发展的重要保障。但目前主体功能区生态补偿的理论研究和实践都处于起步阶段。本文从概念内涵、理论基础、补偿方案、实施途径等方面对主体功能区生态补偿进行研究，并以南京市为例进行实证分析，以期为相关部门制定生态补偿政策提供参考。　　在国内外文献综述的基础上，明确主体区生态补偿的概念，即主要以经济手段调节不同功能区间的利益矛盾，激励生态保护行为，抑制环境破坏行为，实现区域经济社会与资源环境协调发展的一种新型补偿方式。以地理学地域分工与差异分析为基础，运用环境经济学相关理论，从区域空间共轭与政府博弈关系着手，阐述主体功能区生态补偿的理论出发点。不同主体功能区经济发展基础、资源环境承载能力和发展潜力不同，发展定位存在差异，保护型区域以提供生态产品为首要任务。区域生态系统是一个不可分割的整体，空间单元具有共轭特性，保护型区域提供的生态产品会使开发型区域受益。但是，由于生态产品具有正外部经济性和公共产品特性，部分类别的生态产品无法通过市场交换实现其价值，需要建立生态补偿机制平衡区域间的利益，引导地方政府和市场主体自觉推进主体功能建设。生态补偿的实质是政府代表人民购买保护型区域提供的生态产品，为提高保护型区域居民的生活水平提供财力支撑，同时增加保护型区域进行生态保护的动力，改善区域整体生态环境，并进一步促进开发型区域提供生态补偿，实现区域发展良性循环。　　在理论分析的基础上，对南京市主体功能区生态补偿进行实证研究。首先明确南京市主体功能区生态补偿客体，包括自然保护区、森林公园、风景名胜区、地质公园、饮用水源保护区等重要生态保护类型，同时明确补偿主体为开发型区域。并从效益内化的层次出发，将生态系统服务功能分为三大类:不补偿;补偿，按受益程度区分不同补偿主体;补偿，不区分补偿主体。接着从公共服务均等化与生态系统服务价值两个角度出发制定生态补偿方案。基于公共服务均等化测算得到南京市各保护型区域生态补偿金总额为934.78万元，作为补偿下限。基于生态系统服务价值测算得到生态补偿金总额为18.74亿元，作为补偿上限。以受益程度为依据，在区县尺度探讨补偿金的分摊方案，得到白下区、鼓楼区、秦淮区所需要分摊的补偿金较大。最后提出通过开发型区域筹集生态补偿资金，建立主体功能区生态补偿基金，拨付给不同保护型区域，实现开发型区域对生态产品的购买。