医药行业关系国计民生，在国民经济中占有重要地位。随着国内资本市场的逐步完善和医药行业的蓬勃发展，在国内上市的医药类公司无论是公司数量还是质量方面与以前相比都有了本质变化，医药类上市公司已成为投资者资产配置的重要行业。选择合适的价值评估方法和模型，正确评估医药类上市公司的价值不仅有利于公司股东更好的认识公司的内在价值，也有利于投资者预测公司的未来业绩，为公司间的并购重组及股权收购等提供决策依据。同时，由于医药行业各子行业发展状况存在差异，因此各子行业的估值水平也不尽相同，将资本市场对这些子行业不同的估值进行对比分析，并通过对引起估值差异原因的追寻，可以较为全面的了解医药行业的发展状况，发现资本市场对各医药行业各子行业的估值逻辑并以此分析预测医药行业各子行业未来的发展趋势，从而为医药行业投资及企业并购方向提供一定的决策依据。另外，在资本市场上公司的交易价值会受到公司销售规模、上市板块、公司竞争力等因素的影响，将这些影响因素对估值的影响程度进行量化和分析对医药行业投资来说也意义重大。　　本文使用文献研究、理论阐述、数据对比、实证检验等方法，首先对目前应用较广的企业价值评估方法模型作了系统的介绍，在对收益法、市场法等评估方法及模型理论阐述的基础上，通过对医药类上市公司估值特征的分析和收益法、市场法两种评估方法下医药类上市公司估值的差异进行对比，发现收益法和市场法均可作为医药类上市公司的价值评估方法，同时也间接证明了资本市场的有效性。为了解医药行业各子行业估值的差异情况及其原因以及销售规模、上市板块、公司之间竞争力的差异等因素对估值的影响情况，本文将医药行业6大子行业及170家医药类上市公司各项财务数据与各子行业、各公司的市盈率进行了对比分析，发现医药行业不同子行业、不同销售规模、不同上市板块以及同一行业不同公司之间的估值存在显著差异，且估值差异有一定的规律性。通过定性和定量分析的方法，我们发现医药行业各子行业过去的增长速度和未来发展前景对该行业的估值影响较大，而行业销售净利率、净资产收益率、行业β系数等指标对估值影响不大。销售规模、上市板块对估值的影响方面，研究发现公司估值水平会随着销售规模的变化而呈现一定的规律性，不同上市板块的医药类公司的估值差异也有一定的规律性，中小板、创业板上市的医药类公司的发展速度和增长潜力相对主板来说并无明显优势。对同一行业不同公司之间的估值研究发现，同一行业不同公司之间的估值会因为各公司竞争能力的不同而存在显著差异，公司业务产品的垄断性、稀缺性、创新性及科技含量对公司估值至关重要，资本市场给予的这些公司不同的估值提示了我们找寻优秀医药类上市公司的方向。