在国家财政改革的大背景下，海关总署从2001年开始有条不紊地相继实施各项部门预算改革，并取得较大成功，根据党的十八大、十八届三中全会精神以及国家财政改革要求，日益重视海关财务系统绩效和绩效评价，全面推进预算绩效管理改革，树立“花钱必问效、无效必问责”的理念，由重视投入到产出，转移到结果管理。预算绩效管理借鉴国外的绩效预算，引入绩效理念，是基于我国预算改革实践基础上提出的一个全新的概念。它是一种以绩效目标为导向、以绩效监控为保障、以绩效评价为手段、以评价结果应用为关键的全过程预算管理模式。　　目前海关的预算绩效评价基本建立在单位年度工作总结、年终决算报表、年度工作任务的完成程度的基础上，虽然涵盖了各方面，但是共性指标多、合规性指标多，个性指标少，且没有充分量化。评价的方式单一，多对于海关项目支出进行一些碎片化的评价，例如评价支出进度，总量是否超标，专项资金是否专项使用等。评价方法单一，不够科学系统，尤其缺少一套完整的预算绩效评价指标体系。开展海关预算绩效评价不仅是对眼前预算执行情况的评判，也是将评价搜集的信息应用于下一年度预算决策的优化，是一种连接过去和未来的有效管理工具，有利于深化海关财务管理改革，也是实现海关预算管理转型升级的重要突破口。因此，构建一套科学合理有效的海关预算绩效评价指标体系是海关财务管理进一步顺应我国政府财政管理科学化革新的必然要求。　　本文借助已有的国内外研究，结合现实情况，通过深度访谈、问卷调查、文献研究、数据统计等办法，以对海关预算工作的客观工作内容进行分析为基础，通过KPI方法研究指标体系的建立。财政资金在流动的各个环节都存在绩效问题，从财政资金决策投入开始，通过它的流动，跟随它的过程，以及最终使用的结果，产生出的效果探索指标体系的建立，通过因子分析的方法，并借助SPSS19工具，设立“预算运作管理、预算效果控制”2个一级指标以及下属“预算编制科学”、“目标设定合理”、“管理制度健全”、“预算执行率”、“预算执行规范”、“预算调整率”、“三公经费控制率”、“公用经费控制率”、“结转结余率”、“结转结余变动率”10个二级指标。用提出的指标对F海关进行评价，提出了需要全盘考虑、统筹规划、加大对定量指标和个性指标的研究力度、加大技术支持、提高预算绩效评价便捷性、聘请中介机构、充分调动海关专家队伍能动性等建议，以期加强海关预算绩效评价指标体系的建设，提高海关预算绩效管理总体水平。