本文对目前己知的拟南芥和水稻中的miRNA进行分析表明，接近50％的miRNA是由基因组中的多个位置编码产生的。利用生物信息学方法我们分析了拟南芥及水稻中多拷贝的miRNA基因家族成员可能的扩增途径，发现拟南芥中37％的miRNA基因和水稻中35％的miRNA基因之间存在基因复制的现象，我们认为miRNA基因家族与许多编码蛋白的基因家族，如转录因子基因家族成员的扩增方式相似，两者均利用了染色体中大片断复制的方式使得家族中的成员数量得以扩增。为了分析这些miRNA基因家族中各基因的表达情况，我们利用RT-PCR的方法研究了水稻和拟南芥中共10个miRNA基因家族中的48个miRNA基因家族各个成员的表达情况，发现同一基因家族中的不同成员表达模式存在着差异，说明在进化过程中，这些不同成员的表达调控机制已经出现了分化。此外，尽管miR160和miR162的序列在水稻和拟南芥中均比较保守，但这两个基因家族的成员分别在水稻和拟南芥中表达特征却并不相同，可能在水稻和拟南芥中对这两个基因家族的表达存在不同的调控机制。在对表达特征存在差异的拟南芥中miR168家族中的两个基因At-MIR168a和At-MIR168b进行功能分析时发现，这两个基因均可以产生miR168，并调节其靶基因Agronaute1，说明这两个基因还未发生功能的分化而产生不同的miRNA。在对这两个基因启动子活性分析时发现，转录水平的差异是造成这种表达模式差异的重要原因。对At-MIR168a启动子中可能在转录调控中起作用的顺式作用元件的初步分析表明，在启动子上游244bp之内可能存在着调控At-MIR168a转录的增强子元件。这些为进一步分析miRNA基因的进化过程及其自身表达调控提供了良好的研究基础。