《中华人民共和国矿产资源法》保障的矿业权与《中华人民共和国海域使用管理法》保障的海域使用权间存在权利客体上的冲突,目前仍没有相关立法予以解决。以至于在理论研究中两权间存在诸多冲突,在法律实践中产生大量问题难以调和。2018年国务院机构改革将前管理勘查、开采矿产资源行为的国土资源部与前管理海域使用行为的海洋局整合为自然资源部,自然资源部承担起统一管理的重任,同时也开启了立法改革之路。但由于立法的程序严格,切实有效协调冲突的法律难以在短时间内出台,两权行为的管理在现有法律上仍然各立门户。2019年12月自然资源部为切实解决海砂采矿权和海域使用权出让中不衔接、不便民的问题,适应机构改革后职能重构的要求,发布了《自然资源部关于实施海砂采矿权和海域使用权“两权合一”招拍挂出让的通知》。“两权合一”出让方式的提出使协调两权冲突迎来了曙光,但由于本通知只涉及“两权合一”招拍挂的出让问题,在两权取得、流转、存续与消灭阶段冲突的协调上仍无规定。要做到矿业权与海域使用权冲突与协调需要以基本理论问题与实践问题为研究方向。基本理论问题可以从以下层面展开:第一,以学界现有的理论研究为基础,运用文献分析法对矿业权与海域使用权进行概述。分别对矿产权、海域使用权的性质、内容、法律关系进行逐一的介绍,对“两权”充分理解,阐明彼此间的联系与区别。第二,对矿业权与海域使用权的冲突现状进行分析。从“两权”的相关法律中运用比较分析法与语义分析法找出两权产生到消灭阶段冲突焦点,旨在把两权从产生到消灭的整个过程中存在的冲突分别分析,以期在其中找到主要的矛盾冲突点。实践问题部分则利用实证分析法对“两权”冲突案例进行分析,借鉴实践经验,从实践中寻找解决问题的关键,实现法的秩序和效率价值,做到理论与实践相结合。最后进行总结归纳得出两权冲突协调的法律之策。在立法层面上,应采用“两权合一”的解决方式。“两权合一”需要根据“两权”的相关法律规定与其特殊性做到对取得资质的限制、确定新的取得价格、明确适当的权利期限、流转方式与退出机制。为自然资源部下一步相关制度设计提供理论上的建议。在解决实践冲突的对策层面上,应强化对行政机关不作为的治理、重视“两权”相关立法中下位法与上位法冲突的解决以避免造成两权冲突问题、提升行政机关正确适用法律的能力以避免选择适用造成立法的效用不彰、发挥软法的柔性作用、加强行政机关法治思维的运用以避免对行政相对人权益的侵害、充分发挥审判职能的作用以保障司法机关在解决两权冲突中贯彻公平正义原则,为行政相对人提供有效的救济。