大白菜抗根肿病基因CRq的精细定位及克隆

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大白菜根肿病是由根肿菌属根肿菌侵染十字花科植株的根部引起的,该病有着十字花科作物的“癌症”之称。因此,挖掘抗病基因,培育抗病品种,对大白菜根肿病研究具有十分重要的意义。本研究在实验室以大白菜抗病DH系Y635-10和感病DH系Y177-47作为研究亲本,构建F2分离群体,利用BSA-Seq和RNA-Seq对根肿病抗病基因CRq进行精细定位的基础上,对CRq进行了克隆,利用Gateway技术构建了植物过表达载体,对拟南芥进行遗传转化,并对转基因植株进行了抗病性鉴定,主要得到以下结果:1.在河南省农科院园艺所新野县根肿病实验基地对构建的F2分离群体进行春、秋两季的抗病性鉴定试验结果发现F2分离群体的抗病、感病植株的分离比例约为3:1,根据孟德尔遗传定律对抗性鉴定结果进行分析,判断大白菜根肿病抗性为一个主效基因控制。2.在F2分离群体表型鉴定的基础上,依据抗病、感病的表型的差异,选取极端抗、感表型的个体及亲本,构建2个测序深度为10x的亲本DNA池和2个测序深度为50x的F2分离群体极端抗、感DNA池,进行BSA-Seq分析,将抗性基因初步定位于A03染色体的24.30-24.75区域(450Kb)。通过加密标记的方式,在该区域设计了298个SSR标记和365个In Del标记,将候选区间精细到24.30–24.55 Mb(250Kb)。3.结合大白菜的参考基因组数据,发现在该区域内存在4个抗病基因,之后将4个R基因序列与RNA-Seq时亲本De novo组装数据比对分析,发现这4个R基因均比对到了抗病材料Y635-10中组装的Unigene16741。因此,推测Unigene16741可能是大白菜抗根肿病基因CRq的部分片段,并利用RACE技术克隆CRq基因c DNA全长。4.利用Gateway技术构建CRq基因的植物过表达载体,对拟南芥进行遗传转化,并对T2代转基因拟南芥进行抗病性鉴定,结果发现在根肿菌侵染处理后,与转基因植株相比,野生型拟南芥的根部明显膨大,说明转基因拟南芥具有一定抗性。因此,推测该基因在根肿病抗病过程中发挥着一定的作用。
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