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目的:采用基因表达谱芯片技术对原发性肝癌不同部位(癌组织、癌旁组织、正常组织)差异基因的表达进行探讨,进一步寻找原发性肝癌患者肿瘤组织基因表达谱的差异,为原发性肝癌发生发展的分子机制、早期诊断提供分子标记。方法:(1)将收集到的原发性肝癌患者临床资料建立数据库及肝癌组织标本库,筛选严格符合标准的20例肝癌癌组织、癌旁组织及正常组织,将20例原发性肝癌不同部位的表达谱依次进行比较;(2)提取20例样本不同部位的总RNA,琼脂糖凝胶电泳进行质检,总RNA纯化后进行荧光标记,反转录成cDNA,用单标法Cy3-dUTP标记于肝癌癌组织、癌旁组织及正常组织后制成探针,与基因表达谱芯片杂交后洗涤芯片,接着扫描芯片荧光信号图像,通过SAS软件对芯片图像进行分析,最后得到筛选的差异基因。结果:(1)从SAS软件分析发现,癌组织与癌旁组织差异基因1501个,癌组织与正常组织差异基因2059个;(2)对肝癌不同部位筛选出的差异基因进行GO分类,主要分为三大类(细胞组成、分子功能和生物学过程)将这些差异表达基因按分子功能分类主要与细胞代谢、分化、编码细胞骨架结构、离子通道信号转导、编码核酸结合、酶活性调节、转录活性调节、与蛋白质合成、分解、细胞生长、凋亡等功能过程有关;(3)对肝癌不同部位筛选出的差异基因进行信号通路(pathway)分析,筛选出的主要信号通路为:Mechanism of Acetaminophen Activity and Toxicity.Leukocyte transendothelial migration-(human)pathway,TSP-1 Induced Apoptosis in Micro vascular Endothelial Cell Pathway,cdc25 and chkl Regulatory Pathway in response to DNA damage,Transcriptional activation of dbpb from mRNA pathway 等主要的信号通路。结论:(1)通过基因芯片技术发现在肝癌不同部位(癌组织、癌旁组织、正常组织)差异表达基因3560个;(2)对差异表达基因的研究有望为原发性肝癌提供新的诊断依据和治疗靶点;(3)对原发性肝癌不同部位差异基因的信号通路分析,初步揭示了其分子信号传导机制。