近年来,在乡村振兴的大背景下,我国的合作社得到了长足的发展,大量基于合作社的新型经济主体应运而生,如联合社、公司+合作社、基地+合作社等,这些创新的组织形式极大的提升了合作社的效率。但就合作社内部来说,治理问题仍然存在,核心社员控制、激励不足和监督不到位等问题,已经严重制约合作社的发展。因此,研究合作社的内部治理机制,厘清相关主体的内部治理行为动机,对促进合作社的发展至关重要。本文的研究从解决合作社内部治理问题的需求出发,在阅读大量文献的基础上,确定了以演化博弈理论为基础,对合作社内部治理相关主体的行为策略演化路径进行研究的方向。首先通过对内部治理机制特征和问题的梳理,界定了合作社的内部治理的博弈主体,分析了不同主体间的博弈关系;其次建立了核心社员和普通社员的内部治理演化博弈模型,对博弈的演化稳定策略和参数的进行分析,找到了影响内部治理机制的关键因素,并进行了MATLAB仿真验证;接下来,引入政府作为博弈主体,通过建立政府和核心社员的演化博弈模型,对博弈的演化稳定策略和参数的进行分析,找到了政府规制对合作社内部治理机制的影响,并对关键影响因素进行验证;最后,基于演化博弈分析得出的主要影响因素,分别从合作社和政府角度对优化合作内部治理机制提出了建议对策。研究表明:社员行为主要受初始状态、积极利润、返利占比系数、机会主义收益以及惩罚的影响,政府规制主要与成本、社会损益和普通社员的积极因子等因素有关。内部治理机制的优化需要核心社员、普通社员和政府三方的共同努力,降低决策成本、优化利益分配机制、拓宽决策和监督渠道、加强政府规制力度和优化规制方式等措施对改善合作社内部治理有促进作用。