知识经济的到来将中国企业引入了一场以知识产权为目标的经济争夺战。尤其在中国加入WTO后,像医药行业这样高技术密集型行业必然将面临更加激烈的知识产权竞争,随着我国知识产权制度的完善,在知识产权方面我国医药企业将会面临更大的压力,医药企业对知识产权资源管理的有效性成为医药企业能否在国内乃至国外市场占据竞争优势的关键。本文通过对美国、日本知识产权战略管理的分析,总结出了国外医药企业知识产权战略管理的特点。并通过对我国医药企业知识产权战略管理现状的分析,提出了我国医药企业面临的主要问题。在借鉴国外医药企业优秀知识产权管理经验的同时结合我国医药企业知识产权战略管理实际情况和我国知识产权法制建设情况建立了我国医药企业知识产权战略管理体系。该体系主要由3部分组成：分别为知识产权开发战略管理子系统、知识产权保护战略管理子系统以及知识产权运营战略管理子系统。知识产权开发战略管理子系统主要阐述了医药企业知识产权开发的动力系统和动力运行机制；.知识产权保护战略管理子系统通过博弈论的方法分析了医药企业知识产权保护对策选择的方法；知识产权运营战略管理子系统主要阐述了知识产权运营机理以及运营策略。并通过多元线性回归定量分析医药企业经营绩效与医药企业知识产权战略管理之间的关系,得出了医药企业知识产权开发、保护以及运营各个阶段指标同医药企业绩效的关联关系,并针对拟合结果进行分析。最后从政府和医药企业两个方面对提高我国医药企业知识产权战略管理给出相应的对策。