自由贸易港区是设区国为达到一定的经济目的、通过特殊的经济政策和手段开辟的与其他地区隔离的特殊区域，具有境内关外、隔离封闭、充分自由、政策优惠、区港结合等特征。随着中国融入全球经济一体化进程的加快，我国现行的保税区、出口加工区等具有自由港区性质的特殊区域在管理体制、法规建设、功能设计等方面与国际惯例的冲突日益突出。为此，2005年至今，国家先后批复设立以自由贸易港区为发展方向的上海洋山保税港区、天津东疆保税港区、大连大窑湾保税港区、海南洋浦保税港区，同时建设了苏州综合保税区和天津滨海新区综合保税区。在这一背景下，研究自由贸易港区运行机制，实现其制度创新具有重要的理论和现实意义。 保税港区是国家综合配套改革试验区的开放经济载体，开发开放制度创新是其最主要的功能。天津东疆保税港区是目前国内对外开放层次最高、政策最优惠、功能最齐全、区位优势最明显的特殊功能区，突破现实体制障碍、实现制度创新，不仅是提高港区运行效率的突破口，而且是使其成为综合配套改革前沿、带动母城制度创新的关键环节。 文章运用案例分析、比较研究等方法，研究经济全球化背景下自由贸易港区运行机制的一般特征，深刻剖析国际主要自由贸易港区的成功运作经验，比较了我国保税港区与世界自由贸易港区之间在法律法规、管理体制、监管模式等方面的差距，对东疆保税港区的运行机制进行了SWOT矩阵分析，通过提炼共性、探寻差异与个性，对自由贸易港区运行机制的创新提出了相关政策建议。 通过分析研究，文章认为，自由贸易港区运行机制的创新应以建立贸易投资便利化机制为主线，遵循“一线放开，二线管住，区内不干预”的原则，在充分借鉴国内外经验、符合国际惯例的前提下，从功能体系完善、法律规范建设、行政管理体制改进、贸易便利化平台建设等方面入手，为港区内经营者提供便利化平台和节税平台，使自由贸易港区成为真正的区域经济增长引擎和制度创新平台。