论文部分内容阅读
随着致病菌对大多数抗生素产生抗性的出现,细菌的耐药性已成为现代医学中的一个非常严峻的问题,由于噬菌体对细菌具有高度专一性,当噬菌体侵染细菌时,可在细菌中繁殖并杀死细菌,而对动植物没有毒性,因此,噬菌体以其特有的自然特征有望成为较好的抗菌制剂,作为一种新兴的治疗方法,已经越来越受到人们的关注,对噬菌体展开广泛和深入的研究具有重要的基础意义和潜在的临床应用价值。
本研究从海洋沉积物中分离出一株鲍曼不动杆菌噬菌体(命名为AB1),首先探讨其生物学特性,然后进行基因组测序,并对基因组进行初步注释与分析。研究内容及其结果主要包括以下几个方面:
1.鲍曼不动杆菌噬菌体AB1生物学特性的研究,①电镜观察发现,AB1呈复合对称型,头部呈球形,尾部呈丝状,故属于有尾噬菌体;②噬菌体核酸限制性酶切图谱表明噬菌体AB1的核酸为双链DNA,粗略估计其基因组大小约为在35-48kb之间,含EcoRⅠ和HindⅢ酶切位点;③噬菌体衣壳蛋白分析表明噬菌体颗粒至少含有10个衣壳蛋白,其中46.3kD、、37.2 kD、33.1kD、26.7kD蛋白是噬菌体的主要衣壳蛋白;④AB1感染其宿主菌鲍曼不动杆菌最佳感染复数是10-4;⑤生长曲线显示噬菌体感染宿主菌的潜伏时间为85分钟,爆发时间为125分钟,爆发量约为232;⑥在pH5-9的范围内噬菌体保持较好的裂解活性,在温度50、60℃条件下,噬菌体AB1稳定;⑦噬菌体宿主范围测定显示噬菌体AB1的宿主范围狭窄。
2.噬菌体AB1因组的生物信息学分析以及基因功能的探讨,AB1基因组是一条环状的双链DNA分子,全长为45159bp,全基因组平均GC含量为37.7%,编码85个蛋白质基因,平均大小为531bpP,其中14个和己知功能的基因有显著相似性,26个与数据库中未知功能序列有显著相似性,45个ORFs找不到同源序列;tRNA基因有1个,位于12920-12815bp,即ORF26和ORF27之间,所携带的反密码子为GUA,识别酪氨酸(Tyr)密码子UAC。通过blastp检索,在公共数据库中找到了14个己知功能推定基因编码产物的同源蛋白质,可初步确定其功能,它们是:ORF基因52编码解旋酶,ORF基因53编码引物体,基因31和33分别编码末端酶的大亚基和小亚基,基因27编码头部蛋白,基因76编码产物是尾丝蛋白,基因9的产物是RNA聚合酶,基因56编码甲基化酶,基因66编码重组酶等等。进而利用DNAStar软件包中的MegAlign软件对初步鉴定功能的基因编码产物及其同源性蛋白质进行了多重比对并绘制了系统发生树,以分析进化关系。
综上所述,本研究探讨了鲍曼不动杆菌菌噬菌体的生物学特性及其基因组组成序列,并对该基因组进行了初步注释,为进一步研制和开发用于治疗鲍曼不动杆菌菌感染的药物打下基础。