虹彩病毒microRNA的鉴定

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MicroRNA(miRNA)是一类内源性的小分子非编码RNA(non-codingRNA,ncRNA),它们在生物生长发育、细胞分裂、细胞凋亡以及癌变等关键阶段的基因表达调控中扮演着十分重要的角色。在真核生物,miRNA的机构与功能都表现出很高的进化保守性,迄今,在线虫、果蝇、人和植物等多种生物中的miRNA已超过数千种。最近,研究人员发现病毒中存在许多miRNA,其中多数是从其双链DNA基因组转录形成的。其中,研究人员除了对疱疹病毒(herpesviruses),多瘤病毒(polyomaviruses)和逆转录病毒(retroviruses)三种病毒家族编码的miRNAs的功能有所了解之外,对其余miRNA的功能尚不清楚。另外,很多病毒编码的miRNA都有非常特别的发生和功能特性,例如,miRNA形成时所利用的转录聚合酶的种类以及miRNA在前体中的位置等;病毒感染时与宿主miRNA的相互作用等,这些事实也暗示病毒miRNA可能具有某些特殊的功能。 虹彩病毒(Iridoviridae)是一类具有二十面立体对称衣壳结构的大型胞浆型双链DNA病毒。由于虹彩病毒家族中很多成员被证实可以引起鱼类、蛙类和龟类等水生经济动物的病害并导致高致死率,虹彩病毒逐渐受到研究人员的关注。虹彩病毒科下设五个属,有十株病毒已被全基因组测序。 本论文针对于十株具有全基因组序列信息的虹彩病毒miRNA进行了预测与鉴定工作。为了准确查找病毒基因组编码的miRNA前体,同时最大限度地降低由生物信息学本身特征所引起的假阳性率,我们开发了一种复合的计算机预测方法。利用这种方法,我们在十株病毒的基因组中检测到了很多具有非常高可信度的miRNA前体序列。杂交结果证实,TFV编码的12个miRNA前体实际存在。本论文数据结果说明,这种计算机预测方法在病毒miRNA预测中的效率非常令人满意。利用Northernblot的方法进一步确认TFV编码的miRNA的工作正在进行中。
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