本文以鼠肝质膜为研究对象，旨在优化提取、纯化以及鉴定质膜蛋白质的方法。主要进行了两个方面的实验：(1)纯化鼠肝质膜蛋白质方法学研究；(2)肝质膜蛋白质组研究中染色方法比较及优化。第一方面的实验以鼠肝为材料，采用两步蔗糖密度梯度离心法纯化质膜，用扫描电镜分析检测质膜纯度，1DE、2DE分离质膜蛋白质，且PDQuest软件分析图谱。从不同纯化步骤得到的膜蛋白质的电泳图谱中找出82个不同的蛋白质点，然后对其进行酶解和质谱分析，最后共鉴定到56个蛋白质，其中有43个是在PDQuest软件中定义为2倍差异的点。从蛋白质定位信息中可以看出其中有35个2倍差异的点，是定位于质膜上的蛋白质；另外7个2倍差异点，5个为线粒体蛋白、2个为过氧化物酶体蛋白。此外13个无明显差异的蛋白质点由于定位信息不明确，推测为质膜与其它细胞器共定位的蛋白质。以上结果说明两步蔗糖密度梯度提取有利于质膜蛋白的富集。然后探索了几种新方法(双水相，高盐高pH结合双水相，双水相结合蔗糖密度梯度)对质膜蛋白质进行了富集。研究结果表明：高盐高pH结合双水相，以及双水相结合蔗糖密度梯度的方法都能较好地富集整合膜蛋白质，其中双水相结合蔗糖密度梯度的方法又优于高盐高pH结合双水相处理。将所提取的蛋白质用1DE-PAGE分离，ESI-Q-TOF质谱鉴定。鉴定的结果表明双水相和蔗糖密度梯度离心作为两种不同的提取及纯化质膜的方法的结合使用，可以进一步纯化质膜得到更好的分离效果。为了提高组织细胞质膜的纯度，研究中还摸索使用了一种新的亲和法纯化组织质膜。即用抗体磁珠免疫亲和分离纯化C57小鼠肝脏质膜的方法。与密度梯度离心法相比，质膜富集了3倍左右，线粒体减少了约2倍。同时比较了四种亲和提取方式，优化了样品、磁珠以及抗体之间量的比例。研究鉴定的质膜或质膜相关蛋白质的比例明显高于使用其它方法得到的质膜蛋白质的比例。第二方面，对鼠肝质膜蛋白质组进行了5种染色方法的比较实验，发现荧光染色的质谱鉴定准确性高于快速银染法，快速银染法又高于普通银染法。考染中G-250的效果比R-350好，且背景低、快速。对考染后切取了高丰度蛋白质点后的胶块进行快速银染，既可以提高鉴定的准确性又可以不丢失低丰度的蛋白质。