野鸟源新型星状病毒和H5N8高致病性禽流感病毒的鉴定与遗传变异研究

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禽类感染星状病毒,可导致严重的致死性肝炎和肾炎等;禽流感是由禽流感病毒(Avian Influenza Virus,AIV)引起的一种高度传染性疾病,H5N8高致病性禽流感病毒(H5N8 subtype highly pathogenic avian influenza virus,HPAIV–H5N8)会导致家禽和野鸟的全身性疾病,死亡率可达100%。星状病毒和H5N8高致病性禽流感病毒都可以感染野鸟、家禽和人类,不仅会对家禽养殖业造成巨大经济损失,还对人类的生命健康造成威胁。开展这两种病毒流行病学调查和遗传变异研究,有利于拓宽病毒在野鸟中的遗传演变规律,为这两种病毒的防控提供理论基础。某省2017年12月份突发死亡300多只乌鸦,剖检死亡乌鸦,未见明显组织病变。本研究针对此次疫情,利用RT–PCR和q RT–PCR方法,排除常规病原(甲型流感病毒、西尼罗河病毒、新城疫病毒、乙型脑炎病毒、森林脑炎病毒等烈性传染性病原)及细菌感染后,将脏器组织样本研磨上清液提取的核酸,进行二代测序(Next Generation Sequencing,NGS),结果表明:乌鸦样本中存在三种星状病毒,并获得了病毒基因组序列。利用PCR扩增病毒的基因组,一代测序与二代测序结果一致,确定为星状病毒。核苷酸同源性分析表明:三株星状病毒全基因组核酸序列与其它属禽星状病毒的同源性较低,分别为47.8–52.3%、46.1–51%、45.7–50.5%,且该三株星状病毒之间的同源性也较低(65.6–82.9%);系统进化分析发现,三株新鉴定的星状病毒在禽星状病毒家系形成一个独立的分支。某省2020年12月份突然发生大天鹅死亡事件,原因不明。本研究采集了该地区种群中一只发病濒死大天鹅的口拭子和肛拭子、以及23份环境新鲜粪便,利用二代测序技术,在口和肛拭子及2份粪便样本中均鉴定出HPAIV–H5N8的全基因组序列。HA基因的关键位点分析,发现其裂解位点含有多个碱性氨基酸(REKRRKR↓GLF),结合临床发病情况说明其为高致病性禽流感病毒;HA基因(H3–number)的226位为谷氨酰胺,228位为甘氨酸,提示该病毒以结合禽类受体(α–2,3唾液酸受体)为主;但该毒株160位存在苏氨酸到丙氨酸的突变,提示有增强其结合人源受体(α–2,6唾液酸受体)的能力。核苷酸同源性分析表明:本研究鉴定毒株与2020–2021年野鸟来源亚洲分离株同源性为92.13–97.86%,与2020–2021年野鸟来源欧洲分离株的同源性高达99.70–99.95%,与2020年俄罗斯出现的感染人的H5N8毒株同源性高达99.23%–99.80%。基因遗传进化分析表明:本研究鉴定毒株的8个基因片段均与野鸟来源的欧洲分离株聚类在一起。本研究首次发现乌鸦携带星状病毒,丰富了星状病毒的生态图谱和遗传多样性;而大天鹅源HPAIV–H5N8的鉴定及其全基因组序列分析,表明大天鹅在禽流感病毒传播中具有重要的公共卫生意义。本研究的结果为继续加强对野鸟未知病原的监测和已知病原的防控提供了科学基础。
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