为了研究中国家驴的起源进化与遗传多样性,本研究利用线粒体DNA(mtDNA) D-loop序列分析方法对我国12个家驴品种126个个体进行分析,这些家驴品种为泌阳驴、德州驴、关中驴、淮北灰驴、佳米驴、蒙古驴、凉州驴、庆阳驴、太行驴、西吉驴、新疆驴和云南驴。通过数据分析本研究所得出的主要结论如下:(1)中国家驴具有丰富的遗传多样性。在所分析的12个家驴品种126条序列中,共发现36种单倍型,37个多态位点,其单倍型多样度和核苷酸多样度在各品种中的分布分别为0.4667~0.9778和0.0012~0.0285,均以凉州驴最小,新疆驴最大,平均单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.9055和0.0228。(2)中国家驴的母系起源为非洲起源,并分为两个支系即索马里野驴起源和努比亚野驴起源。我们引用了3条非洲索马里野驴的序列,3条非洲努比亚野驴的序列以及6条亚洲野驴的序列,共代表12种单倍型。将之与中国家驴的36种单倍型用Kimura双参数模型构建NJ系统发育树,结果发现有15种单倍型(代表76条序列)属于索马里驴支系,有21种单倍型(代表50条序列)属于努比亚驴支系;采用简约中介网络法对所有单倍型绘制了网络图,中国家驴同样分成相互独立的两个支系,均呈现星状发育模式,其中单倍型CD1和CD5分别位于索马里驴支系和努比亚驴支系的中心,从而进一步支持了NJ树的分析结果。中国家驴的序列和亚洲野驴的序列没有聚在一起,说明亚洲野驴不是中国家驴的母系祖先。(3)中国家驴各品种间群体结构不明显。在所研究的12个家驴品种中,除凉州驴只有索马里驴支系外,其他11个品种均有索马里驴和努比亚驴支系分布,AMOVA分析表明品种间方差组分仅占3.09%,其余均为品种内方差组分,这说明中国家驴各品种的母系起源与其地理分布没有明显的对应关系;按家驴类型来分,大型驴、中型驴和小型驴在两个支系中均有分布,其中核心单倍型CD1、CD2、CD3和CD4均包含以上3个驴类型,这说明中国家驴各品种的母系起源与其体格大小也没有关系;家驴品种间核苷酸分歧度Dxy、净遗传距离Da和群体分化指数Fst均较低,同样说明各品种间遗传分化不明显,可能存在较大的基因流。(4)中国家驴曾经历了群体扩张。应用Arlequin3.1软件对中国家驴两个支系的所有个体分别进行不配对分析,发现索马里支系和奴比亚支系的不配对分布曲线均呈单峰形,Fs值分别为-7.64和-13.12,P值均小于0.01,显著偏离中性,表明两个支系均曾经历了群体扩张,且努比亚支系经历了较大的群体扩张。(5)推测了中国家驴可能的传播路线。研究证明起源中心的群体与从起源中心分离出去的群体相比具有更高的单倍型多样度和核苷酸多样性。据此我们推测中国家驴的发源地在新疆,可能的传播路线为:○1从新疆经由甘肃、宁夏、陕北延安到陕西的关中平原,然后,再向东传播到山西、河北、河南、安徽和山东等地,形成与当地地理和气候相适应的地方品种;○2同时还有一部分从新疆经由陕北延安、长城沿线、科尔沁草原进入东北平原形成草原生态类型的东北驴,到内蒙古草原形成蒙古驴;○3最后,中国的家驴由北方经由四川到达云南省。必须指出,我们的这个假设仅仅反映了一种趋势,要确切的证明中国家驴的传播路线,还需要做大量细致的研究工作。要进一步探讨中国家驴的遗传多样性和起源问题,还需要扩大样本量或从微卫星、Y染色体等方面开展工作,以提供更多的遗传学证据。