短尾猴属灵长目(Primates)猴科(Cercopithecidae)猕猴属(Macaca)动物,是我国特有的高等灵长类动物,被列为国家二级保护动物和世界濒危物种。短尾猴共有四个亚种:指名亚种(Macaca thibetana thibetana)、黄山亚种(Macaca thibetana huangshanensis)、贵州亚种(Macaca thibetana guizhouensis)和福建亚种(Macaca thibetana pullus)[9],它们断续分布在四川、贵州、甘肃、福建、安徽、浙江、江西、湖南、云南、广西等省份,其栖息地与森林植被有密切的关系。由于人类对森林的砍伐和过度开发以及其它原因,短尾猴过去连成大片的分布格局被分割、缩小,形成现在不连续的岛状分布格局,短尾猴的个体数量也呈急剧下降的趋势。为了采取有效的保护措施,有必要从遗传学的角度来探讨其种群结构、遗传多样性以及种群的演变历史和影响因素。目前关于短尾猴的保护生物学研究主要集中在对其生态环境的研究方面,相关的的保护遗传学方面的研究还很少。因此我们利用分子生物学技术探讨了短尾猴的遗传多样性和系统演化。　　本研究共采集到60个(指名亚种:15个,黄山亚种:16个,贵州亚种:14个,福建亚种:15个)不同个体的粪便样品。以变异速率较快的线粒体控制区(mtDNA control region)作为遗传标记,通过DNA提取、扩增、序列测定,获得45个不同个体的控制区序列,序列长度为475bp。本研究共检测到11个单倍型,各地理种群之间没有共享的单倍型,单倍型的地理分布特点和AMOVA分析结果表明:短尾猴的不同地理种群之间存在极其显著的分化(P＜0.05),这可能是由于长期地理隔离阻碍了基因交流所致,支持短尾猴存在四个亚种分化的观点。四个亚种的核苷酸多样性和单倍型多样性分析是在DnaSP4.10中进行的,结果显示:四个亚种总的核苷酸多样性为0.042,总的基因型多样性为0.792;其中四川亚中的核苷酸多样性(Pi=0.024)和基因型多样性(Hd=0.567)都较其它三个亚种高;贵州亚种的核苷酸多样性(Pi=0.002)与基因型多样性(Hd=0.222)最低。这种贫乏的遗传多样性说明短尾猴可能在历史上经历过严重的瓶颈效应。通过形态特征和分子数据建立的系统发生树显示:短尾猴是从我国的西南部一直向东北扩张,随着气候的变化和长江的形成,短尾猴分成明显的分成长江南北的两条路线,一条(指名亚种)从四川向东北扩散,一条路线沿长江向东扩散;在扩散的过程中由于地理的隔离而形成了现在的贵州亚种、福建亚种和黄山亚种。依据系统发生和遗传多样性分析,我们认为短尾猴个地理种群之间的遗传分化明显,且无共享的单倍型,系统发生树也显示了四个亚种存在一定的分离,应该将短尾猴的四个亚种作为独立的管理单元加以保护。