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目的:
建立应用变性高效液相(DHPLC)技术分析前列腺癌(PCa)特异性PCA3基因启动子多态性的技术方法及其初步临床应用。
方法:
1.根据Genbank中的PCA3的全序列(AF279290),在其启动子区域设计一对引物,以本室先前已经建立的11种(C2T6、C2T5、C3T5、C2T5/C2T6、C3T5/C2T4、G3T5/C4T5、C3T5/C2T5、C3T5/C2T6、G2T5/C1T8、C2T6/C3T4、C2T6/CT7)已知多态性的PCA3基因启动子的克隆质粒为标准品,通过优化DHPLC检测体系,建立其多态性克隆质粒的标准图谱。
2.对本方法进行方法学评价,包括该方法的准确性和重复性。
3.采用完全随机设计的方法从189例病理确诊为PCa患者的外周血标本选取147例标本,对其PCA3基因启动子的扩增产物进行DHPLC分析,比较各标本洗脱峰与标准克隆质粒的DHPLC图谱,以判断临床标本PCA3基因多态性类型,并对这些基因型再行克隆测序予以验证。
4.应用建立方法学检测外周血标本[前列腺增生组(BPH)153例和PCa组189例],并统计分析临床标本中PCA3基因启动子不同多态性类型在PCa组、BPH组中的分布。
结果:
1.通过11种已知克隆质粒优化DHPLC检测体系,最适检测体系为:含44.3%A洗脱液(0.1 mol/L TEAA、0.025%ACN)和55.7%B洗脱液(0.1 mol/L TEAA、25%ACN)的起始洗脱梯度,含35.3%A洗脱液和64.7%B洗脱液的终止洗脱梯度,柱温53℃,流速:0.9 ml/min,在该条件下DHPLC有较高的重复性,其中4种双峰型的克隆质粒(C3T5/C2T5、C3T5/C3T4、C2T5/C2T6、C3T5/C4T5)2峰出峰时间之差批间CV值分别为3.85%、0%、3.03%、1.18%,4种3峰型的克隆质粒(C3T5/C2T6、C3T5/C1T8、C2T5/C3T4、C2T6/C2T7)中第2峰与第1峰出峰时间之差批间CV值分别为6.67%、1.96%、4.55%、1.67%,第3峰与第1峰出峰时间之差批间CV值分别为4.55%、0%、1.59%、4.05%,批间CV值在0%~6.67%之间。
2.11种克隆质粒多态性标本仅通过1~2次洗脱,就能根据峰型和各峰的出峰时间将其区分开。147例PCa中,144例DHPLC检测结果和克隆测序结果一致(Kappa=1,P=0.00),并出现3种新的峰型,经克隆测序验证为3种新的多态性(C3T5/C1T6、C2T5/C1T8、C3T5/C2T7)。
3.342例外周血标本DHPLC检测试验中,我们检出了C3T5,C3T5/C3T4,C3T5/C4T5,C3T5/C2T5,C3T5/C2T6,C3T5/C1T8,C2T5,C2T5/C2T6,C2T5/C3T4,C2T6,C2T6/C2T7,C3T5/C2T4,C2T5/C2T7,C3T5/C2T7,C3T4/C2T7,C2T5/C1T8共16种PCA3启动子多态性,其中,C2T5/C2T7、C3T4/C2T7、C3T5/C2T4为DHPLC洗脱峰与标准图谱不一致,经克隆测序证实3种新的多态性,3种新的多态性建立新的DHPLC图谱。含有C3T5型多态性组中,随着TAAA重复次数增加,前列腺癌患病率增加。
结论:
1.成功应用DHPLC技术建立起分析PCA3基因启动子多态性的方法学,可对PCA3基因启动子多态性进行基因型别鉴定。该方法具快速、准确、经济、高通量、重复性好、自动化等特点。
2.外周血标本中含有C3T5型PCA3启动子多态性组中,随着TAAA重复次数增加,前列腺癌患病率增加。