血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤中NR4A3基因5’UTR区域甲基化状态的研究

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背景:  血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤(angioimmunoblastic T-celllymphoma,AITL)是外周T细胞淋巴瘤(Peripheral T-cell lymphoma,PTCL)的一种常见亚型。AITL的起因和机理的研究还不明确,而且对于其治疗仍未达到共识。对于AITL的形成,遗传学和表观遗传学机制都对AITL形成和发展起到了作用。基因NR4A3属于NR4A家族,参与细胞周期、凋亡、炎症、代谢等过程。现在已经有证实在许多肿瘤中起到抑制作用,特别是在血液系统肿瘤中。本实验主要研究基因NR4A3的5UTR区域甲基化在血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤中的发生情况。目的是为血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤寻找生物学标记物,帮助诊断。  方法:  (1)研究对象为2005.01年-2014.11年共60例血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤和对照组淋巴结反应性增生50例,收集石蜡包埋的病理组织,切片并对组织进行DNA提取。  (2)选取肿瘤与增生组织共10例,为得到甲基化程度不同,使用Illumina甲基化基因芯片分析。并对芯片结果按照基因注释、CpG注释分类,进行GO和KEGG分析。  (3)根据芯片结果筛选抑癌基因,对筛选出来的基因用甲基化特异性PCR(MSP)在大样本中验证,对DNA甲基化定性检测。在检测的基因中找到甲基化发生率差别最大的基因。  (4)对82例样本(包括肿瘤53例和增生29例)进行甲基化定量检测。使用的是焦磷酸测序技术。  (5)亚硫酸氢盐测序(BSP)方法被用来对T淋巴细胞白血病Jurkat细胞株进行甲基化程度分析。  (6)收集随访成功病例的相关临床参数及各项指标如患者性别、年龄、肿瘤大小、ki67、LDH,甲基化、对患者生存情况进行随访。对以上因素进行统计学分析,制作生存曲线。  结果:  (1)Illumina芯片提示我们基因body以外区域异常的甲基化发生于promoter区和5UTR区的频率较高。异常甲基化多见于CpG shore区域和岛内。KEGG和GO分析,得到存在差异基因较多的信号通路和生物学功能。得到甲基化差异显著的基因。  (2)对芯片结果提示的甲基化差异显著的抑癌基因sept9、CCDC67、BCL2L10、BBC3、NEIL1、P21和NR4A3使用MSP对其芯片提示位点的甲基化进行检测,结果显示NR4A3在AITL中甲基化发生率较高,在增生组中相对发生率低,差异有统计学意义(P=0.00)。其他基因并没有发现明显的差异。  (3)对NR4A3基因5UTR区域上芯片提示位点焦磷酸测序结果表明,与对照组相比NR4A3的5UTR区域的四个CpG位点均在AITL中发生高甲基化(P<0.05)。  (4) BSP结果说明在大于或等于50%的甲基化程度出现在T淋巴细胞白血病jurkat细胞系中NR4A3在5UTR区域的四个位点上,但在promoter区域没有明显的高甲基化。  (5)统计学结果表明,在上述的这些因素中,年龄、性别、肿瘤大小、Ki67、NR4A3甲基化情况跟生存期并没有相关性,LDH升高倾向于更少的总体生存时间(overall survival, OS)(P<0.05)。  结论:  在AITL中,异常甲基化发生频率较高。除了基因的body区域,异常甲基化常发生于promoter和5UTR区域。甲基化差异基因主要富集在合成代谢、发育、分化、胚胎形成形态发生、神经突触、调节激酶活性、跨膜转运等生物学功能。kegg富集得到MARK、肿瘤信号通路,钙信号通路、癌症转录失调、Akt通路、Ras等通路。超甲基化发生于基因NR4A3的5非编码区。其5非编码区的异常高甲基化将会有可能成为帮助AITL诊断的新的肿瘤生物学标志物。另外,血管免疫母细胞性T细胞淋巴瘤中LDH升高倾向于不良预后。
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