自根幼态无性系是巴西橡胶树通过组织培养技术获得的再生植株。到目前为止,只有少数几个品种可以通过体细胞胚发生途径获得再生植株,这严重阻碍了自根幼态无性系在生产上的的推广种植。但是对巴西橡胶树体细胞胚发生的分子机制还不清晰。对巴西橡胶树体细胞胚发生分子机制的研究有助于自根幼态无性系在生产上的的推广种植。本研究通过转录组学及表观遗传学手段对体细胞胚发生过程进行转录组和组蛋白修饰分析,主要研究结果如下:(1)通过对橡胶树体细胞胚发生过程中四个时期6组样品:胚性愈伤组织(EC)、初级胚状体(PE)、子叶形胚状体(CE)和畸形胚状体(AE)、成熟子叶形胚状体(MCE)和成熟畸形胚状体(MAE)进行了转录组测序,得到133.63 Gb clean data,平均每个样品得到7.25 Gb clean data,Q30碱基百分比均达到或超过94.65%。共有21231条Unigenes在COG数据库中得到注释。对AE vs CE和MAE vs MCE进行基因差异分析发现,AE vs CE共有1536个差异表达的Unigenes,上调556个,下调980个;MAE vs MCE共有3307个差异表达的Unigenes,上调1938个,下调1369个。KEGG通路分析结果显示AE vs CE和MAE vs MCE的差异基因主要富集在在苯丙烷类生物合成途径,植物激素信号转导途径。植物激素信号转导途径相关差异基因主要与生长素相关。对组蛋白修饰酶进行分析,共发现20个编码组蛋白甲基转移酶的基因,12个编码组蛋白去甲基化酶的基因,34个编码组蛋白乙酰基转移酶的基因,22个编码组蛋白去乙酰化酶的基因,4个编码组蛋白磷酸化酶的基因,在AE vs CE和MAE vs MCE中存在差异表达。(2)对组蛋白修饰情况进行检测发现,在体细胞胚发生过程中,各位点修饰情况均呈现动态变化。在AE vs CE中检测到在H3K4me1、H3K4me2、H3K79me1、H3K79me3、H4K20me3、H4R3m2a、H4R3m2 存在组蛋白甲基化修饰变化,H3K56ac、H4K5ac、H4K12ac存在组蛋白乙酰化修饰变化。MAE vs MCE中检测到H3K4me1、H3K4me2、H3K9me3、H3K27me1、H3K27me2、H3K36me1、H3K36me2、H3K36me3、H3K79me1、H3K79me2、H3K79me3、H3K9ac、H3K14ac、H3K56ac、H3ser10P、H4K20me3、H4K12ac和H4ser1P修饰差异比较明显。