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结肠小袋纤毛虫是一种寄生于肠道的原虫，是感染人类以及非人灵长类动物的最大原虫。目前，国内外对结肠小袋纤毛虫的研究主要集中在流行病学调查、临床病例的诊断治疗等方面，而对其致病机理的研究甚少，因此，有必要对结肠小袋纤毛虫进行生物学特性、基因型分型及药物筛选等研究，以给规模化猪场结肠小袋纤毛虫的净化提供重要的参考依据。本研究主要是通过对洛阳地区规模化猪场结肠小袋纤毛虫感染情况的调查，并对其基因型进行分析，进而筛选出抗结肠小袋纤毛虫的中药品种和进行结肠小袋纤毛虫病的治疗试验。1．本研究利用直接涂片法共调查了洛阳地区10个猪场的1373头猪的粪样，其中哺乳仔猪370头，保育猪375头，育肥猪348头，种猪280头。本次调查的10个猪场均有结肠小袋纤毛虫感染，所调查的场阳性率为100%。不同生长阶段猪群的感染率为：哺乳仔猪30.8%，保育猪54.7%，育肥猪52.0%，种猪51.1%，猪群感染率在31.5%～64.8%之间。2．为了揭示结肠小袋纤毛虫病的传播机制，防控人和动物结肠小袋纤毛虫病的爆发，本研究利用18SrRNA、ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列分子标记技术，分析了洛阳地区猪群中结肠小袋纤毛虫的种群特征。基于18SrRNA序列分析结果显示，洛阳地区猪源小袋纤毛虫为同一种—结肠小袋纤毛虫，与已发表的菲律宾猪源分离株序列相似性高达99%；基于ITS1-5.8SrRNA-ITS2序列分析结果显示，洛阳地区结肠小袋纤毛虫存在两个基因型，基因型A和基因型B，其中SX株属于结肠小袋纤毛虫基因型A，其余6株属于基因型B。3．由于目前用于体内杀灭结肠小袋纤毛虫的药物多为硝基咪唑类化合物，因为其存在药物残留问题，已经被国家农业部禁止作为饲料添加剂使用。本研究初步利用体外急性毒性试验方法，研究常山、五倍子、二花、乌梅等22种中药体外抗结肠小袋纤毛虫的效果，初步确定有9种为有效的药物，半数致死浓度由低到高的排列顺序为：常山、五倍子、乌梅、二花、黄芩、知母、槟榔、诃子、青蒿。4．为了测定中药在临床上对结肠小袋纤毛虫的效果，本研究首次在规模化猪场进行了甲硝唑、土霉素、中药（常山、五倍子）四种药物的临床疗效实验，结果显示：甲硝唑组对结肠小袋纤毛虫的疗效最好，但是可以确定的是常山、五倍子在临床上对结肠小袋纤毛虫病的治疗也起到了作用。用药一周后，结肠小袋纤毛虫的转阴率分别是70%和50%，每克粪便中所含结肠小袋纤毛虫的数量均有大幅度的下降，且下痢猪头数也有所下降，充分说明中药可以用于临床上对结肠小袋纤毛虫病的治疗。