本研究利用形态学方法及SSR分子标记方法对西山系列推广面积较广和生产潜力较大的玉米杂交种及其亲本共34份材料进行研究，建立了一套简便、快捷、准确可靠的分子技术鉴定体系，构建了西山系列玉米自交系及杂交组合的指纹图谱，筛选出了一批在西山系列玉米自交系和杂交种上具有较高多态性的SSR引物。研究主要结果如下： 1．对西山系列玉米杂交种及其亲本不同时期的形态学性状进行观测，综合不同时期形态学指标可以有效鉴别杂交种的纯度。 2．利用SSR分子标记技术进行玉米自交系的真实性鉴定是可行的。本实验利用西山系列常用的19份自交系进行了分析，从100对引物中筛选到23对多态性丰富的引物，这些引物扩增产物一般有4-6条带，每条带分子量多在250bp以下。平均每个位点检测到等位基因数为6个，变化范围2-14。利用这23对引物构建了标准化的玉米自交系DNA指纹，可区分开全部供试自交系。 3．利用分子标记技术进行玉米杂交组合的真实性鉴定也是可行的。本研究利用西山系列玉米目前生产上使用较广或生产潜力较大的15个玉米杂交组合进行了SSR分析，从100对引物中筛选到27对适合玉米杂交种的多态性引物，这些引物共检测到226条多态性片段，一般片段大小在76-280bp之间，平均每个位点的等位基因数为8.37个，变化范围4-18个，同时利用这27对多态性引物构建了标准化的玉米杂交种DNA指纹，可将15个玉米杂交组合逐一区分开来。 4．利用SSR分子标记技术能明显区分玉米杂交种及其父、母本。利用杂交种的DNA指纹图谱与其双亲的带型互补，能快速准确地鉴定玉米杂交种子的纯度。