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选择和利用优良砧木是黄瓜嫁接栽培的重要保障。而开展砧木种质资源的评价和研究,是砧木选择利用和新品种选育的前提。本研究搜集了国内设施黄瓜嫁接栽培砧用南瓜种质资源,通过形态学标记及SSR分子标记,分析它们的遗传多样性,在此基础上,分别在种子萌发期和幼苗期评价了不同砧木种质资源对高盐、低温、高温等非生物胁迫的抗性。主要研究结果如下：1.利用63个形态标记对47份砧用南瓜种质资源进行遗传多样性鉴定。结果表明,已搜集的47份砧用南瓜种质资源遗传多样性并不丰富；嫩瓜皮色等8个质量性状和大部分数量性状都可作为形态标记,辅助砧用南瓜的种质评价及新品种的选育。2. 筛选出的40对多态性SSR标记将47份砧用南瓜种质划分为3个类群,大部分种质的分子标记聚类结果与形态学的聚类结果相似,并且对不同非生物胁迫抗性较强的砧用南瓜品种在各大类群中均有分布。同时也发现,从分子水平上进行鉴定,所搜集的砧用南瓜种质资源遗传多样性同样不丰富；但发现SSR标记CMTm11具有极高的多态性,可用于今后砧用南瓜种质分子标记的辅助选择。3.对48个砧用南瓜品种在发芽期用125 mmol/L NaCl处理,幼苗期用80 mmol/L NaCl进行处理,通过对生长指标的平均隶属函数进行聚类分析,发现发芽期及幼苗期耐盐性均较强的品种为12、14、23、30、31、34、45、47、48号,耐盐性均较弱的品种为3、4、6、9、15、16、29、36、43号。4.对48个砧用南瓜品种进行低温处理,通过测定生长指标,进行主成分分析及聚类分析,在种子萌发期及幼苗期耐寒性均较强的砧用南瓜品种9个：1、2、3、6、13、17、26、27、33号；对低温均敏感的品种11个：21、22、23、24、32、34、37、40、42、44、46号。5.对48个砧用南瓜品种进行高温处理,通过对相对生长指标进行UPGMA聚类分析,发现已搜集的砧用南瓜品种耐热性在萌发期及幼苗期都可以分为4类,但分类结果并不一致；在两个时期均表现为较耐高温的品种有2个：26和27号；对高温均敏感的品种11个：6、9、10、11、13、14、17、20、36、47、48号。种子相对发芽势、相对发芽指数、相对活力指数和幼苗相对干重可作为砧用南瓜品种资源耐热性鉴定的可靠指标。