一个桥本氏甲状腺炎家系的致病基因研究及SNP rs12532、rs870142与藏族先心病发病风险的关联分析

来源 :北京协和医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:slippers3000
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背景:桥本氏甲状腺炎(HT)是一类复杂的自身免疫性甲状腺疾病,其发病与环境暴露和特异性易感基因有关。该疾病中女性发病率高于男性。到目前为止,前期研究虽已阐明了一些易感位点,包括有PTPN22、FOXP3和CD25等,但该疾病的病因和发病机制仍未研究清楚。方法:我们收集到一个HT三代家系,其中有6名成员患病,均为女性。选取该家系中先证者及其3名患病亲属进行了全外显子组测序(WES),根据已设计的严格标准对测序结果进行检测和筛选,识别该家系致病基因突变。利用采集到的该家系中所有成员的外周血样本进行Sanger测序,以验证候选致病基因和突变,并通过在线网站对相关蛋白进行有害性分析。结果:经过全外显子组测序和生物信息分析,我们识别出一个PTPN22基因罕见错义突变(NM015967.5;c.77A>G;p.Asn26Ser)。PTPN22 是该疾病的一个易感基因,与多种自身免疫性疾病的发生风险显著相关。公共数据库均显示该错义突变是极其罕见的。Sanger测序显示该家族中所有女性患者均携带有该突变。保守性分析显示该位点在蛋白中较为保守,并且突变导致该位点的氨基酸疏水性增加。结论:此次研究第一次在HT家系患者中发现错义突变PTPN22A77G,进一步证明了PTPN22在自身免疫性甲状腺疾病中的致病或易感性作用,为该疾病的遗传学致病研究提供了新的方向。背景:先天性心脏病(CHD)是指胎儿时期心脏结构或功能出现异常情况的疾病,具有很高的发病率和死亡率。青藏高原是人类生活环境最为极端的地区之一,CHD的发病情况较平原地区更为严峻。前期GWAS研究中发现,TBX1、NKX2.5、GATA4以及MSX1基因等都与CHD的发生风险存在关联,其中MSX1基因中的SNP rs12532和rs870142可能与CHD的发生有关。由于CHD的发病率和影响因素会因种族和地区的不同而存在有一定的差异性,因此rs12532和rs870142与藏族CHD发生风险的相关性仍然未知。方法:我们收集到387名藏族先天性心脏病患者的血液样本及临床资料,并随机选取690名一般人群样本作为对照组。通过基质辅助飞行时间质谱对rs12532和rs870142两个多态性位点进行基因型分析。通过IBM SPSS Statistics 22.0进行统计分析。P<0.025被认为具有显著性差异。结果:SNP rs12532位点中,病例组与对照组的基因型频率分布存在显著的差异性(P<0.025),隐性模型(GG/AA+AG)使CHD的患病风险升高(OR=1.680,P=0.005)。同时与对照组相比,该位点基因型频率在ASD亚型中的分布存在统计学差异。在对SNP rs870142位点的分析中,病例组与对照组间不存在显著性差异。进行性别矫正后,所有结果均不改变。对单体型的检测中并没有发现任一单体型与CHD疾病之间的显著关联。结论:我们的研究结果表明rs12532可能与藏族CHD的发生相关,而rs870142与该疾病无显著关联。这一结果为今后藏族CHD的易感位点研究提供了新的思路。
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