蛇亚目（Serpentes）是爬行纲有鳞目（Squamata）下的一个较大类群，全球现生物种数接近3500种。基于在地理分布、栖息环境、行为方式及形态上所呈现的多样性，蛇亚目的系统学研究一直是两栖爬行动物系统学研究的热点。本研究测定了6种蛇的线粒体基因组全序列及3个核基因的序列数据，结合NCBI中已公布的相关物种序列数据，利用贝叶斯法（BI）、最大简约法（MP）和最大似然法（ML）构建了中国蛇类的系统发生树，旨在进一步探讨蛇亚目内以蝰科（Viperidae）和游蛇科（Colubridae）为代表的重要分类阶元间的系统发生关系。　　本研究主要内容包括：⑴分别测定了蝰科2个物种（白头蝰Azemiops feae和莽山烙铁头Zhaoermia mangshanensis）和游蛇科4个物种（百花锦蛇Elaphe moellendorffi、颈棱蛇Macropisthodon rudis、花尾斜鳞蛇Pseudoxenodon stejnegeri和锈链腹链蛇Amphiesma craspedogaster）的线粒体基因组全序列，其中花尾斜鳞蛇和锈链腹链蛇的控制区暂缺。其获得的长度分别为17383 bp、17628 bp、17191 bp、18922 bp、15031 bp和14804 bp。研究发现，它们的线粒体基因组包含十三种蛋白编码基因，转运RNA基因（16-23个），两种核糖体RNA基因，非编码控制区结构（CRI与CRII）以及一个轻链的复制起始位点（OL）。其中，两个控制区序列在各自的线粒体基因组中是高度相似的，但各个物种之间又不尽相同。莽山烙铁头蛇中，CRI含有75 bp的串联重复，而颈棱蛇的两个控制区重复单元分别为249 bp和250 bp，且均出现两次。通过与其它蛇类线粒体基因组的比较分析，研究对蛇类线粒体基因组在基因排列上的进化规律进行了讨论。⑵测定了这六种蛇的三类核蛋白编码基因的部分序列，依次为C-mos基因：451 bp（白头蝰），435 bp（莽山烙铁头），440 bp（百花锦蛇），438 bp（花尾斜鳞蛇），437 bp（颈棱蛇），448 bp（锈链腹链蛇）；RAG-1基因：928 bp（莽山烙铁头），961 bp（百花锦蛇），932 bp（花尾斜鳞蛇），956 bp（颈棱蛇）；BDNF基因：703 bp（白头蝰），692 bp（莽山烙铁头），696 bp（百花锦蛇），696 bp（花尾斜鳞蛇），694 bp（颈棱蛇）。⑶基于56个蛇类的13种mtDNA蛋白编码基因及26种蛇类的3个核基因序列数据，利用MP法、ML法及BI法分别对其系统发生关系进行了重建。得到一个普遍被认同的看法，即蠕蛇类与真蛇类构成单系的姊妹关系，且蠕蛇附目的钩盲蛇位于系统树的根部。数据明显地支持蛇亚目存在着如下系统发育关系：（游蛇科，眼镜蛇科，水蛇科），蝰科，瘰鳞蛇科），蚺科，闪鳞蛇科），筒蛇科），盲蛇科）。系统发生分析表明，我国分布的百花锦蛇与黑眉锦蛇聚为一支，并和红纹滞卵蛇、紫灰锦蛇及横斑锦蛇构成姊妹群。因此，本研究支持将它们从锦蛇属中分离并各自归类新属的建议。基于mtDNA和核基因的数据分析，本研究支持将原水蛇亚科提升为水蛇科（Homalopsidae）的建议，同时也认同闪皮蛇亚科被确定为科的观点。此外，白头蝰的单系性未得到验证，莽山烙铁头蛇并未独成一支，而是与原矛头蝮属聚类。本研究结果也与以前的分子系统学研究保持了较为一致的观点：蝰科是新蛇类中首先分化出来的类群，游蛇科与眼镜蛇科则出现较晚。