遗传多样性是重要的生物资源，是作物改良的基础。我国黄瓜在长期的品种选育和杂优化过程中其自然资源的多样性受到严重影响，栽培品种的遗传背景变得越来越狭窄，严重阻碍了黄瓜品种的持续改良和黄瓜生产的进一步提高。遗传多样性的研究可以直接指导蔬菜种质资源的有效管理、保存和使用。在杂交育种中，可以减少亲本选配的盲目性，提高育种效率。　　 本试验利用SSR标记对国内外102份黄瓜种质资源进行遗传多样性研究。从48个SSR标记中筛选出17个具有多态性的标记，多态性比例为35.4％。17个SSR标记在102个黄瓜材料中共检测到42个等位基因，平均每个标记检测到2.5个等位基因，同时检测到10个稀有等位基因，各标记的多态信息含量PIC值范围为0.019～0.384，平均值为0.25。　　 五种生态类型中，华南型所含的等位基因数最多（37），日本东南亚型次之（33），华北型（31）、欧洲温室型（30）和野生型中较少。多态性位点比例则以华南型和日本东南亚型最高，欧洲温室型次之，华北型最低。从17个标记在每个生态类型所检测到的遗传多样性指数来看，野生型和华南型黄瓜的遗传多样性指数较高，为0.36和0.32；而欧洲温室型、日本东南亚型及华北型的遗传多样性指数较低，为0.25、0.24和0.22。华南型和野生型均含有3个特有位点，日本东南亚型含有2个特有位点，其他类型不含特有位点。　　 聚类分析表明，102份黄瓜的相似性系数范围0.42～1.00。在相似性系数0.65处，可将黄瓜分为三大类。来源于美国的野生类型单独聚为一组。来源于越南、泰国（2）、广东及西藏的5个材料聚为一组。第3类包括的材料最多，又可细分为六类，基本可以把不同刺瘤类型的黄瓜区分开来。第一亚类中包括来源于泰国、俄罗斯、以色列、美国及中国云南的材料，它们与Ⅱ类材料一样，都具有相似系数较小、无或少刺瘤的特点，这两类中外来种质占了大部分，与大部分中国种质区分开来。其余各类群虽然没有按生态类型和地区明显地划分，但各类群间瓜条性状的不同却有一定的规律，有的类群瓜条刺瘤稀少，有的刺瘤密，而刺瘤稀密有无这一性状是华北型黄瓜和华南型黄瓜相区别的主要性状之一，华南型黄瓜均为刺瘤稀少或无刺瘤类型，华北型黄瓜大多刺瘤较密或中等。另外，聚类结果显示无或少刺瘤黄瓜的遗传基础要比多刺瘤黄瓜宽广，这与本试验中华南型黄瓜遗传多样性高于华北黄瓜这一结论是相符的。结果中还有一些刺瘤分布不规律不同生态类型（华南型和华北型）的材料聚在一类，可能是因为地区间的引种交流导致了某些基因在不同地区种质间的渗入，长时间的选育栽培过程产生了一些中间性状的材料，或者包含了除刺瘤性状和生态类型以外其它相似的遗传基因，因此不能将它们区分开。另外，DNA水平的变异反映出的是种质间基因型的差异，不一定能完全在形态上表现出来。同地区的品种并没有聚在一起，这说明地域上的不同不是造成这些黄瓜材料间亲缘关系远近的原因，中国范围内黄瓜种质的遗传关系与形态特征及地域分布没有必然的关联。　　 从主成分分析表明，黄瓜各生态类型的区分不明显，其中华北型和欧洲型的黄瓜分布比较集中，其他生态型的分布比较宽广。长棒形和迷你形黄瓜的分布比较集中，圆筒形和卵圆形黄瓜的分布则比较宽广。密刺型黄瓜和无刺型黄瓜各自分布在一定的区域，与其他类型区别开，而刺瘤中等和稀刺瘤的中间类型分布居中。