随着网络科技和互联网经济的高速发展,B2B电子商务的发展前景越来越广阔,B2B电子商务企业在不断的发展壮大。B2B电子商务的迅速发展,会使得越来越多的B2B电子商务企业上市,B2B电子商务企业的兼并、重组、参股投资等资本运作也会越来越频繁。而无论是上市,还是兼并、重组等活动,都需要对B2B电子商务企业的价值进行评估,因此,如何合理准确地评估B2B电子商务企业的价值,成为当前研究的一个重要课题。本文以B2B电子商务企业的价值评估为主线,分析B2B电子商务企业价值评估的特点以及传统价值评估方法在B2B电子商务企业价值评估中的局限性,基于实物期权理论,将实物期权法应用到B2B电子商务企业价值评估中。在实物期权法下,将B2B电子商务企业的价值分为现有资产价值和企业发展不确定性具有的实物期权价值。文章利用基于时间序列的DCF法计算企业现有资产价值,选择B-S模型计算实物期权价值。基于时间序列预测企业自由现金流量,会使得预测的结果更加客观,进而使得计算的企业现有资产价值更加准确,B-S模型中标的资产现有价值参数的估计也会更加合理。选取B2B电子商务企业焦点科技作为案例,运用本文所述方法对企业价值评估过程进行具体分析,并另外分析生意宝和上海钢联的评估结果加以佐证,说明了实物期权法能够合理准确地评估B2B电子商务企业的价值。