PTEN相关ceRNA网络的构建及肝癌发病机制的初步研究

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肝细胞癌(HCC)的恶性程度高,发病率高且存活率低,是全球范围内与癌症相关的死亡的主要原因之一。但是,肝癌发生的背后机制尚不是非常清楚。大量研究表明竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络在许多人类癌症的多种生物学过程中发挥关键作用。因此筛选ceRNA调控网络并研究其作用机制,对HCC的诊断和预后具有重要意义。在本研究中,利用生物信息学筛选出与磷酸酶和张力蛋白同源物(PTEN)相关的ceRNA调控网络。通过相关性分析、Cox回归分析鉴定出HCC临床预后模型,并且利用免疫组化实验进行验证。运用甲基化分析和免疫浸润分析探讨预后模型在肝癌的发生和发展过程中的分子机制,为肝癌发生机制研究提供了新的方向和策略。具体研究内容如下:1.从TCGA数据库获得mRNA,lncRNA和miRNA的表达谱。总共在HCC样品和邻近的正常样品中筛选出3371个DElncRNA,422个DEmiRNA和8294个DEmRNA,而在PTENhigh和PTENlow表达的HCC样品之间鉴定出860个DElncRNA,54个DEmiRNA和1871个DEmRNA。然后,通过计算机分析将总共5个DElncRNA,4个DEmiRNA和372个DEmRNA纳入InRNA-miRNA-mRNA三重调控网络。此外,利用Cytoscape插件cytohubba,基于得分>2,筛选出三重调控网络中的十三个关键RNA。最后,通过生物信息学分析获得了与肝癌预后有关的DLEU2L-hsa-miR-100-5p/hsa-miR-99a-5p-TAOK1过度表达的ceRNA网络。2.通过相关性分析在ceRNA调控网络中鉴定了DLEU2L/TAOK1轴,并且利用Cox回归分析表明DLEU2L/TAOK1轴可能是肝癌临床应用中潜在的预后模型。运用GEO数据库和免疫组化实验对预后模型DLEU2L/TAOK1轴中的TAOK1进一步数据分析和实验验证,结果发现相比于正常组织,TAOK1在肝癌组织中高表达,与前面分析结果一致。3.甲基化分析表明DLEU2L/TAOK1轴异常上调可能是由于甲基化不足引起的。免疫浸润分析表明,DLEU2L/TAOK1轴可能对肿瘤免疫微环境的变化和肝癌的发展有影响。当前的研究构建了基于ceRNA的DLEU2L/TAOK1轴,可能是与HCC诊断和预后相关的新型重要预后因素。
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