触针扫描表面形貌测量仪由于具有测量范围大、精度高、可靠性高、能对表面轮廓和形貌进行综合测量等优点，在表面形貌测量中占有重要地位。软件系统是表面形貌测量仪的重要组成部分，是仪器的控制中心，影响仪器的功能和性能。本文研究开发了一套集测量、分析与评定功能于一体的表面形貌测量软件系统。论文首先对触针扫描表面形貌测量软件系统进行了总体设计，系统采用三层式架构，包含仪器驱动控制与数据采集、特征分析与参数评定等功能模块。研究并实现了基于多项式拟合、高斯滤波、样条滤波等二、三维表面形貌滤波技术，探讨了样条小波原理、算法及软件实现。研究并实现了基于DirectX的三维表面形貌地形图绘制技术、三维视图操作原理、三维表面形貌点拾取等技术。研究了基于ISO和ASME标准的表面形貌轮廓和区域参数计算方法，采用标准软件和标准数据对算法及实现软件进行了验证。针对表面结构特征分析与评定，提出了一种基于有限Radon变换的MEMS结构特征分析评定算法，可有效地提取MEMS结构方向特征，为MEMS结构表面形貌参数评定奠定基础。提出了MEMS结构特征系列评定参数，研究了基于有限Radon变换和提升小波的MEMS结构特征参数评定算法，并通过模拟和实验对其准确性进行了验证。开发了触针扫描表面形貌测量仪软件系统，进行了二维轮廓和三维形貌测量、分析与评定实验，并与Taylor Hobson公司PGI-830仪器进行了比对，验证了仪器软件系统主要功能模块的可靠性和准确性。