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大豆异黄酮在防治癌症﹑骨质疏松症﹑心脑血管疾病等方面具有良好功效，近年来引起医药卫生﹑食品﹑农业等领域科技工作者的广泛关注。大豆异黄酮含量性状属于多基因控制的数量性状，易受环境影响。筛选大豆异黄酮含量优异种质资源并定位相关基因，可为大豆品质改良、基因克隆及分子标记辅助育种提供理论依据。本研究建立了测定异黄酮含量的高效液相色谱（HPLC）法，测定并筛选128份东北地区栽培大豆异黄酮种质资源；以“小黑豆（♀）”和“GR8836（♂）”为亲本构建184个家系的F2:9～11重组自交系（RIL）群体，测定4个不同种植环境（2009年北京大田﹑2010年长春大田﹑2010年长春盆栽和2011年长春温室）下的异黄酮总量及各组分含量，利用SSR分子标记技术构建遗传连锁图谱，并分析异黄酮含量相关QTL。主要研究结果如下：1.大豆异黄酮含量检测方法的建立及验证建立了大豆籽粒异黄酮含量测定的HPLC法。其中，流动相：甲醇-0.4磷酸水（30：70）；流速：1mL.min-1，检测波长：254nm；柱温：40℃，进样量：10μL。线性关系R2在0.9994～0.9998之间，回收率在99.29%～100.76%之间且变异系数小于3%。2.东北地区栽培大豆品种籽粒异黄酮含量分析及资源筛选测得东北地区种质资源异黄酮总量的分布范围为0.9135～6.2486μg.mg-1，平均值2.9174μg.mg-1。不同地区大豆品种异黄酮总量分布规律为：黑龙江省＞吉林省＞东北其它地区，筛选得到高异黄酮品种12份，低异黄酮品种3份。吉林32各组分异黄酮含量表现为：籽粒＞60d胚＞50d胚＞40d胚＞花＞荚＞30d胚＞20d胚＞叶＞根＞茎。3. RIL群体大豆异黄酮含量分析RIL群体异黄酮总量在4个环境下的分布范围分别为：0.47～6.27﹑1.60～10.13﹑3.16～10.79和2.04～14.42μg.mg-1，平均值分别为2.44﹑5.23﹑6.15和7.33μg.mg-1。大豆异黄酮含量性状间均呈极显著正相关，其中，异黄酮总量与大豆苷﹑染料木苷含量的相关系数都稳定在0.90以上，异黄酮总量及其3种主要组分含量均与蛋白质含量和蛋脂总量呈显著负相关，与脂肪含量呈显著正相关。4. RIL群体大豆异黄酮含量性状的QTL分析构建得到1张覆盖大豆17条染色体﹑总长度为1733cM的遗传连锁图谱，SSR标记间平均距离25.1cM。检测到22个大豆异黄酮含量相关QTLs，遗传贡献率在4.48%～7.87%之间。其中，19个QTLs表现出加性正效应，3个QTLs表现出加性负效应。其中，5﹑4﹑7和6个QTLs和大豆苷﹑黄豆黄苷﹑染料木苷含量和异黄酮总量相关。4﹑12﹑3和9号染色体是大豆异黄酮含量相关QTL分布密集区域。其中，4个QTLs和Satt524相连锁，3个QTLs和Satt009相连锁，2个QTLs分别和Satt353、Satt488、Sat140和Sat319相连锁。其中Satt009附近定位到3个QTLs（q3Dp2、q3Glp1和q3TISOp2），与前人定位到的QTL位点一致。检测到3对影响异黄酮含量上位性QTL，其中，qEGp1和qEGw1影响黄豆黄苷含量，qETISOp1影响大豆异黄酮总量，LOD值分别为：17.50、18.96和21.01，加性效应值分别为：0.1146、0.4567和0.1565，遗传贡献率分别为：3.51%、4.96%和3.01%。