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黑斑原（魚兆）（Glyptosternum maculatum Regan）隶属鲇形目（Siluriformes）、（魚兆）科（Sisoridae）、原（魚兆）属（Glyptosternum）,主要分布在雅鲁藏布江干流及其支流,是唯一一种分布到雅鲁藏布江中上游的（魚兆）科鱼类。黑斑原（魚兆）在雅鲁藏布江的两支流,尼洋河、拉萨河和谢通门江段三地均存在着产卵场,渔获个体大小差异明显,确定他们是否为三个相对独立的种群,还是一个种群,对于资源保护和合理利用都具有重要价值。本文利用AFLP和SSR两种分子标记方法,研究雅鲁藏布江两支流,尼洋河、拉萨河和谢通门江段黑斑原（魚兆）地理群体的遗传多样性,重要结果如下:1.AFLP与SSR两种标记揭示了黑斑原（魚兆）物种的遗传多样性水平（1）选用81对AFLP引物组合对3个地理群体共96个样本进行了遗传多样性研究,选出的5对多态性引物组合共扩增出332条清晰可辨、可重复的条带,平均每对引物组合扩增出66.4条带;332条扩增出的条带中有51条带是多态的,多态条带范围在8（E-AAC/T-AAG,E-AAG/T-AAT和E-AAT/T-AGA）和17条（E-AAC/T-AAT）之间,平均为10.2条。3个地理群体的遗传距离（D）分布范围在0.0015-0.0042之间。（2）选用28对SSR引物对3个黑斑原（魚兆）地理群体共96个样本进行了遗传多样性研究,选出的6对SSR多态性引物共扩出20个等位基因,平均每个位点为3.2个等位基因,多态信息含量为0.0394-0.4159,平均0.2837,属中度多态,可作为黑斑原（魚兆）遗传标记分析有效的微卫星引物。3个地理群体的遗传距离（D）分布范围在0.0022-0.0778之间。2.AFLP标记和SSR标记的比较AFLP标记共产生332条清晰可辨、可重复的条带,其中51条带是多态的;SSR标记共扩出20个等位基因。这两种分子标记的研究结果比较一致:均揭示了黑斑原（魚兆）群体遗传多样性水平比较低,并且拉萨河群体遗传多样性最低;3个地理群体间无遗传差异。AFLP和SSR都是评价黑斑原（魚兆）遗传多样性有效的分子标记。3.黑斑原（魚兆）微卫星序列的开发在本研究所用的生物素标记的（CA）15探针构建的富集文库克隆中,720个（70%）为初步定为含有微卫星序列（含有两到三条带）的阳性克隆中,从中随机挑取145个克隆去测序,其中139个（89.2%）含有重复次数大于或等于7的克隆,序列比对后发现124个克隆为非同源性碱基序列;重复次数范围为8-165次,平均为52次。对124个微卫星序列进行划分:其中perfect为80个（64.5%）;imperfect为40个（32.3%）;compound perfect为14个（3.2%）,部分序列已经在Genbank中进行了注册。4.黑斑原（魚兆）微卫星标记的筛选共设计了33对微卫星引物,经过PCR扩增,其中有29对对黑斑原（魚兆）有扩增产物,从中筛选出具有多态性产物的25对引物。在黑斑原（魚兆）一个群体36个样本的25个微卫星位点上,等位基因的数目从2到10不等,平均每个位点为4.6个等位基因;观测杂合度（Ho）范围从0到1,平均为0.5481;多态信息含量（PIC）范围为0.2846-0.8173,平均值为0.5793,表明这些标记均适合黑斑原（魚兆）进行群体遗传学分析。5.黑斑原（魚兆）微卫星标记通用性的检测设计的33对微卫星引物扩增黄斑褶（魚兆）（与黑斑原（魚兆）同科不同属）一个群体的18尾样品,其中有14对成功扩增,全部显示多态,并且都能进行多态分析。等位基因数目从2到7不等,平均为3.85;期望杂合度范围为0.3476-0.8571,平均值为0.6054;观测杂合度范围为0-1,平均值为0.5992:信息多态含量范围从0.3208到0.8111,平均值为0.7434。结果显示,从黑斑原（魚兆）筛选出的微卫星标记中已有14对成功地跨属扩增。