‘川早枇杷’是由福建引进的枇杷品种‘早钟六号’的芽变新品系,2008年发现于四川省雅安市汉源县,表现“特早熟”,且其果实品质优于‘早钟6号’。在实际的芽变选种中,发现和分析变异,其关键是确定芽变为遗传变异还是环境引起的饰变。为此,本研究采用生物学特性调查、染色体核型分析和ISSR分子标记相结合的方法从形态、细胞、分子三个层面对‘川早枇杷’进行鉴定,旨在判断ISSR分子标记对枇杷芽变鉴定的可行性,并对‘川早枇杷’所表现出的“特早熟”性状是遗传变异还是在特定环境下的生态反应做出结论,主要研究结果如下：1、‘川早枇杷’树姿较直立,嫩梢绿色,密被茸毛,单果重45g-80g,果皮橙黄色,颜色均匀,果肉橙红色,细腻化渣,汁多味甜。‘川早枇杷’的枝梢生长在四川汉源从1月中旬开始,至12月中旬结束,一年抽梢4次,全年基本无休眠；第一批花于7月中旬开放,第二批和第三批花分别于8月底和10月底开放,三批花开花持续时间长达5个月,每批花从始花期到终花期持续约1个半月左右；第一批果实于11月底开始着色,至1月下旬大部分达到采收标准,第二批果实成熟时间为1月下旬至4月上旬,第三批果实则在4月中旬达到采收标准。2、‘川早枇杷’与‘大五星’和‘早钟6号’的染色体数目均为2n=34,核型公式为2n=34=18m+16sm,包含18条中部着丝粒染色体和16条近中部着丝粒染色体。‘川早枇杷’最长和最短臂比值为1.74,平均臂比值1.87,与‘大五星’之间存在显著差异,而与‘早钟6号’间无显著差异。3、采用L25(55)正交设计对ISSR-PCR反应体系进行优化,建立适用于‘川早枇杷’的ISSR反应体系。通过对实验结果评分和分析,获得‘川早枇杷’最优ISSR反应体系为：25 μ1体系,其中dNTPs 0.25mmol/l,Mg2+ 1.5mmol/l,引物0.5 μmol/l,Taq酶2.5U/μ1,模板DNA 40ng/25μl,10×PCR-buffer 2.5μl.4、从100条ISSR引物中筛选出14条进行扩增,共获得165条带,平均每条引物扩增出11.8条带,其中多态性条带108条,多态性百分率为65.45%。引物UBC895扩增出17条多态性条带,多态性百分率达到100%。14条ISSR引物在‘川早枇杷’和‘早钟6号’中扩增出84条带,在‘日本茂木’和‘川早枇杷’中扩增出122条,多态性比例分别为0.1071和0.1967。5、通过对13个枇杷品种(品系)进行ISSR分析,遗传相似系数为0.6184-0.8244。同其他12个品种(品系)的遗传相似系数相比,‘川早枇杷’与‘日本茂木’的遗传相似系数最高,为0.7920,‘早钟六号’和‘晚钟’与‘川早枇杷’的遗传相似系数分别为0.7717和0.7444。‘大五星’与‘川早枇杷’的遗传相似系数最低,仅为0.6525。利用NTSYSpc软件,采用非加权配对算术平均法(Unweighted pair-group method arithmetic means,UPGMA)构建了13个枇杷品种(品系)的亲缘关系树状聚类图,在遗传相似系数为0.7580时,可将‘川早枇杷’和‘早钟6号’区别开。遗传相似系数为0.7160时,13个枇杷品种(品系)可以被分为4类。