作为一种提供公共设施和服务行之有效的手段，公私合作伙伴关系（Public-Private Partnership，简称PPP）得到了越来越广泛的应用。PPP模式是政府与私人部门为提供公共基础设施及服务而建立的一种长期合作关系。本文针对PPP的组织结构选择问题进行了研究，从PPP的契约本质出发，基于PPP多阶段和长期性的特点，借鉴国外PPP的研究评价模式，在不完全合同的框架下，通过理论研究与模型分析相结合的方式，对PPP项目组织结构的合同设计进行了探讨，分别就公共产品的外部性、需求风险的分担、所有权和基础设施的剩余价值、以及政府俘获问题对PPP模式组织结构的影响做了探究。研究得到如下结论，在合同不完全的情况下，如果外部性为正，努力可以轻易地降低成本并且很难影响质量，那么组织模式应当选择成本加成合同下的捆绑模式；如果努力可以轻易地提升质量而很难增加成本，组织模式应该选择使用费合同。如果外部性为负，私人部门的运营水平对最终用户的需求影响较大，组织模式应当选择使用费合同下的捆绑模式。考虑资产所有权及剩余价值，如果公共基础设施的资产专用性程度较小，应当在合同期内将所有权交给私人部门。当存在政府被俘获的可能时，组织模式应当选择可向私人部门提供低效能的激励政策，这样可以有效降低政府与私人部门共谋对PPP项目采用不恰当的组织模式的可能。