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猪圆环病毒2型(Porcine Circovirus type 2, PCV2)是引起猪断奶后系统衰竭综合征等相关疾病的重要病原之一。ORF2基因不仅是PCV1和PCV2主要结构蛋白的编码基因,而且也是区分PCV1和PCV2的重要区域,其编码蛋白具有良好的抗原性,本研究利用PCR技术扩增出PCV1株ORF2基因,进行分子克隆,成功建立了PCV1荧光定量PCR检测方法。采用套式PCR技术对2006年高热病地区和华南地区规模化猪场发病猪群与死亡猪群进行PCV1与PCV2检测,完成了13株PCV2分离毒株的全基因组与11株PCV1分离毒株的全基因组序列测定与分析。1采用套式PCR方法对华南地区的规模化养猪场或个体养殖户送检的144份猪血清进行了猪圆环病毒1型(PCV1)与猪圆环病毒2型(PCV2)病毒检测。PCV1阳性率为14.6%,PCV2阳性率为27.8%;PCV1与PCV2均为阳性的阳性率为4.9%。采用套式PCR方法对2006年高热病地区采集98份猪的病料进行了猪圆环病毒1型(PCV1)与猪圆环病毒2型(PCV2)病毒检测。PCV2总阳性率达到79.6%,PCV1总阳性率为7%;检测结果表明此次高热病猪圆环病毒二型感染相当严重。2从发病猪组织中分离出13株PCV2,11株PCV1并全部进行了全基因组序列测定,结果表明,11株PCV1分离株的基因组全长均为1759 bp,与国、内外分离毒株的全基因组序列比较发现发生的变异很小。13株PCV2分离株的基因组全长均为1767 bp,与国、内外分离毒株的全基因组序列比较发现,5株华南地区PCV2分离株变异很小,8株高热病地区PCV2分离株发生了很大的变异。3根据GenBank中猪圆环病毒Ⅰ型(PCV1)ORF2基因序列,设计合成了一对引物,对PCV1 ORF2基因进行PCR扩增,构建重组质粒pMD-ORF2作为标准阳性模板。同时根据测完序的PCV1 ORF2基因序列设计了用于FQ-PCR的一对引物和一条TaqMan探针。通过条件优化,以定量的10倍系列稀释的质粒pMD-ORF2为标准品进行荧光定量PCR扩增并制作标准曲线,建立了PCV1检测的荧光定量PCR方法,对阳性组织病料的检测表明该方法的检测灵敏度高出常规PCR,与套式PCR(nPCR)具有相近的灵敏度。