资本结构理论一直是国内外学者研究和讨论的焦点，其中对资本结构影响因素的研究尽管很深入，但对特定背景下具体行业资本结构影响因素的研究却不多。我国制药行业经过了前些年高速发展阶段后，近几年由于国家加强了行业监管措施使得整个行业利润水平下滑，而盈利能力的下降必然对资本结构造成一定的影响。本文就是在此特定背景下对我国制药行业上市公司资本结构影响因素进行较为系统地研究。本文首先采用最新财务报表数据分析了我国制药上市公司资本结构的现状。然后，综合运用现代企业理论和资本结构理论分析影响制药上市公司资本结构的因素。接着，采用主成分分析和线型回归分析得到各因素是如何影响我国制药上市公司资本结构的，分析结果显示：股东权益收缩度、偿债能力、企业规模、盈利能力、成长性和股利支付政策对资本结构影响比较显著，且影响程度依次减弱；而营运能力、固定资产投资、产品独特性、非债务税盾、控股股东持股比例和国有股控股对资本结构影响不大。最后，依据本研究实证分析结果有针对性地提出优化我国制药上市公司资本结构的建议与对策，以期为公司管理层、广大投资者以及政府监管部门提供有意的借鉴。