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植物内生菌能与宿主形成互利共生关系,从而促进宿主生长和发育,并产生与次生代谢相同或类似的物质,在植物微生态系统中具有重要作用。本研究基于免培养技术和高通量测序,研究金钗石斛(Dendrobium nobile Lindl)种子、组培苗和仿野生植株的根、茎和叶中的内生菌及其根际土壤微生物的多样性,利用气相色谱法检测金钗石斛石斛碱含量,并通过统计分析,分析金钗石斛内生菌的结构组成与石斛碱含量的相关性。取得主要结果如下:1.金钗石斛种子内生细菌主要包括变形菌门和蓝细菌门,13个属,变形菌门为主要类群,泛菌属(Pantoea)为优势属。香农指数和辛普森指数分别为1.822和0.689,chao1指数为11。组培苗内生细菌主要包括变形菌门、蓝细菌门和厚壁菌门,变形菌门和蓝细菌门为主要类群,根、茎和叶内生细菌分属于12、16和15个属,优势属均为泛菌属。香农指数分别为0.960、1.557和1.352,辛普森指数分别为0.425、0.567和0.509,chao1指数为16.000、15.333和12.333。仿野生金钗石斛内生细菌主要包括变形菌门、厚壁菌门和蓝细菌门,变形菌门和蓝细菌门为主要类群,根、茎和叶内生细菌分属于1086、1387和1075个属,根部优势属为假单胞杆菌属(Pseudomonas),茎部和叶部优势属均为埃希氏-志贺氏菌(Escherichia-Shigella)。香农指数分别为2.794、1.828和2.810;辛普森指数分别为0.637、0.425和0.507;chao1指数为737.411、385.812和959.738。金钗石斛根际土壤细菌主要包括蓝细菌门和变形菌门,1918个属,蓝细菌门为主要类群,优势属为芽孢杆菌属(Bacillus)。香农指数和辛普森指数分别为7.296和0.925,chao1指数为1973.580。细菌多样性大小为根际土壤>仿野生金钗石斛>种子>组培苗。2.金钗石斛种子内生真菌主要包括子囊菌门和担子菌门,23个属,子囊菌门为主要类群,德巴利酵母属(Debaryomyces)为优势属。香农指数和辛普森指数分别为0.168和0.036,chao1指数为29.5。组培苗内生真菌主要包括子囊菌门、担子菌门和接合菌门,担子菌门和接合菌门为主要类群。根、茎和叶内生真菌分属于28、16和22个属,根部优势属为丝衣霉属(Byssochlamys),茎部优势属为被孢霉属(Mortierella),叶部优势属为锥盖伞属(Conocybe)和德巴利酵母属。香农指数分别为0.090、0.088和0.094,辛普森指数分别为0.015、0.016和0.017,chao1指数分别为28.750、18.000、22.333。仿野生金钗石斛内生真菌主要包括担子菌门、子囊菌门和厚壁菌门,担子菌门和子囊菌门为主要类群。根、茎和叶内生真菌分属于377、248和274个属,根部优势属为辐孢属(Dactylaria),茎部优势属为热子囊菌属(Thermoascus),叶部优势属为Neofusicoccum。香农指数分别为0.671、0.157和0.695;辛普森指数分别为0.173、0.026和0.179;chao1指数为912.145、94.911和183.944。金钗石斛根际土壤真菌主要包括担子菌门和子囊菌门,862个属,担子菌门为主要类群,优势属为Rickenella。香农指数和辛普森指数分别为4.531和0.850,chao1指数为858.330。真菌多样性大小为根际土壤>仿野生金钗石斛>种子>组培苗。3.金钗石斛根、茎、叶的石斛碱含量在1.502~8.093 mg/g之间。从11月到次年9月,石斛碱的含量总体呈现先降低后升高再降低。根部和茎部石斛碱含量5月达到最高,9月最低,石斛碱含量具显著性差异(P<0.05)。叶部石斛碱含量11月达到最高,7月最低,且3月、5月、7月分别与11月间均具有显著性差异(P<0.05)。4.对金钗石斛内生菌结构组成和石斛碱含量进行相关性和主成分分析,结果表明:根部内生细菌unidentified_Chloroplast、Duganella和内生真菌Dactylaria、Luellia与石斛碱含量为正相关,内生细菌Geothermobacter、Pantoea和内生真菌Rickenella与石斛碱含量为负相关。茎部内生细菌Paenibacillus和Burkholderia与石斛碱含量为正相关,内生细菌Acinetobacter和Curvibacter以及内生真菌Dactylaria、Cyphellophora、Candida和Olpidiaster与石斛碱含量为负相关。叶部内生细菌Shewanella、Pseudomonas和Halomonas以及内生真菌Eriosporella、Aspergillus和Talaromyces与石斛碱含量为正相关,内生细菌Crenothrix以及内生真菌Alternaria、Brycekendrickomyces和Gibberella与石斛碱含量为负相关。