论文部分内容阅读
本研究以三种不同颜色的洋葱品种‘W1201’(红皮)、‘W470’(黄皮)、‘628’(白皮)的鳞茎为材料,比较了三者之间黄酮、花青素含量及其抗氧化活性之间的差异,并对黄酮、花青素含量与抗氧化活性之间的相关性进行了分析。此外,以洋葱品种‘W470’新鲜幼嫩的根、鳞茎、叶片为试验材料,比较了 4种不同RNA提取方法提取洋葱不同组织总RNA的效果,旨在探讨洋葱不同组织的总RNA提取的最优方法。采用IlluminaHiSeqTM2000平台对上述三种颜色洋葱鳞茎组织进行测序并将测序结果进行生物信息学分析,对其差异表达基因进行挖掘、探讨了类黄酮生物合成途径差异表达基因的表达情况。进而,基于转录组测序所得数据开发SSR、SNP标记,以期在后续的研究中利用SSR、SNP标记开展洋葱种质资源遗传多样性评价以及分子标记辅助育种的研究。取得的各项研究结果如下:1.‘W1201’、‘W470’、‘628’的花青素含量分别为 29.99±1.19,9.64±1.30和 0.75±0.40mg·100g-1 黄酮含量分别为 111.10±5.98,36.64±3.59 和 0mg·100g-1。紫皮和黄皮洋葱中测定出飞燕草色素-3,5-双葡萄糖苷,矢车菊素-3,5-双葡萄糖苷、矢车菊素-3-葡萄糖苷和矢车菊素-3-(6’丙二酰基)-吡喃葡萄糖苷等4种类型的花青素以及槲皮素和槲皮素-3-葡萄糖苷等2种类型的黄酮。通过测量DPPH、ABTS+和FRAP活性表明花青素、黄酮和多酚与抗氧化活性间均显著正相关。2.凝胶电泳分析显示除了 Tiangene试剂盒不能提取洋葱根的总RNA,其他方法在洋葱不同组织长均可提取到不同质量的RNA。对不同方法提取洋葱RNA质量浓度和纯度的进行检测结果表明,TaKaRa试剂盒提取洋葱叶片总RNA的浓度为342.31 μg·g-1;pBiozol法提取洋葱鳞茎和根的总RNA的质量浓度分别为1119.39μg·g-1和171.85 μg·g-1。经RT-PCR验证,TaKaRa试剂盒提取的洋葱叶片总RNA以及pBiozol法提取洋葱鳞茎和根的总RNA均成功扩出洋葱β-actin基因片段。TaKaRa试剂盒适宜提取洋葱叶片的总RNA,pBiozol法适宜提取洋葱鳞茎和根的总RNA。3.通过对‘W1201’(红皮)、‘W470’(黄皮)、‘628’(白皮)洋葱鳞茎组织转录组进行测序,将过滤后得到的43 325 054 640核苷酸碱基(nt)进行转录组从头组装。组装后共得到111 558个Unigene,将这些Unigene序列分别到数据库NR、KEGG、COG和GO中进行注释,共注释上54 138个Unigene。对以上三者间差异表达基因进行分析表明差异基因在三个对比之间的表达趋势有所不同。注释到类黄酮生物合成途径中差异表达基因数量的分别为12(Red-VS-White)、18(White-VS-Yellow)、10(Yellow-VS-Red)条。此外,基于转录组测序所得数据,开发SSR、SNP标记,共计获得了 5 767个SSR位点,转换总数329 659以及颠换总数145 540的SNP。