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目的应用高通量测序技术对毛桃期（10天）和快速生长期（60天）鹿茸顶端组织进行转录组深度测序以及数据分析，筛选与鹿茸快速生长相关表达基因，对其生长机制进行探究，为进一步研究鹿茸快速生长以及功能基因的发掘奠定基础。方法采用改良Trizol法提取毛桃期和快速生长期鹿茸顶端组织总RNA，应用琼脂糖凝胶电泳、BioSpec-nano紫外可见分光光度计和Agilent Technologies2100Bioanalyzer分析仪对总RNA质量进行检测和鉴定。采用HiSeq2000SequencingSystem平台及双末端测序方法进行转录组测序，测序原始数据（clear reads）经过Trinity组装软件进行从头组装拼接得到Unigene序列数据。将Unigene序列与蛋白数据库nr、Swiss-Prot、KEGG和COG进行BLASTX比对、GO功能注释及KEGG代谢通路分析。针对不同生长时期的基因进行差异表达分析，筛选与快速生长相关基因并采用qPCR法进行数据验证。结果1.从鹿茸毛桃期（LA）和快速生长期（LC）顶端组织中提取出的总RNA，经非变性琼脂糖电泳检测28s，18s条带清晰；BioSpec-nano微量紫外可见分光光度计检测样品浓度值分别为2560.85ng/μl和1986.23ng/μl；Agilent Technologies2100Bioanalyzer检测RIN值分别为7.4和8.5，符合建库要求。2．采用Illumina/Solexa高通量测序技术经去除载体序列、低质量序列后，LA期获得40,721,676clean reads，总碱基数为3,664,950,840nt，97.25%的序列测序质量值均在Q20以上，GC含量为53.07%；将LA期40,721,676个clean reads进行序列组装拼接，获得112,343个contigs，再将contigs拼接成67,580个unigenes，平均长度为709nt，N50为1292nt；通过蛋白数据库Nr比对，共比对上33,451个unigenes（49.5.%）；将LA期样品进行GO功能注释、COG功能分类和KEGG代谢通路分析，10,667个unigenes被归类到50个GO功能类别中，10,370个unigenes归类到25个COG功能分类中，21,767个unigenes注释到223个KEGG代谢通路中。3. LC期获得39,787,196clean reads，总碱基数为3,580,847,640nt，97.05%的序列测序质量值在Q20以上，未知碱基数为0.01%，GC含量为51.45%；序列拼接后获得107,848个contigs,再将contigs拼接成63,253个unigenes，平均长度为639nt，N50为1072nt；通过蛋白数据库nr比对，共比对上32,247个unigenes（50.98%）；将LC时期样品进行GO功能注释、COG功能分类和KEGG代谢通路分析，11,936个unigenes被归类到52个GO功能类别中，9,119个unigenes归类到25个COG功能分类中，22,561个unigenes注释到223个KEGG代谢通路中。4.通过对鹿茸不同生长时期进行GO功能富集分析及KEGG代谢通路差异表达富集分析，共有15,539个差异表达基因注释到GO功能类别中，5,244个差异表达基因注释到235个KEGG代谢信号通路中。5.通过对鹿茸不同生长时期转录组进行差异表达基因分析，共筛选出10,027条差异表达基因；结合GO功能富集分析及KEGG代谢通路富集分析，进一步筛选出18种转录因子、17种生长因子、16种细胞外基质基因及27种与软骨细胞增殖、分化以及肥大等与鹿茸生长密切相关基因。6.利用qPCR方法对随机挑选的差异表达基因进行检测，结果显示qPCR表达趋势与转录组数据一致。结论1.本研究通过高通量测序及数据分析，成功建立了鹿茸快速生长时期转录组数据库，丰富了鹿茸在基因水平及蛋白水平上的数据信息。2.通过对鹿茸不同生长时期转录组进行差异基因表达分析，筛选出大量鹿茸快速生长过程中相关调控基因，为鹿茸生长机制研究及功能基因发掘奠定基础。