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南水北调东线工程的重要输水、调蓄湖泊——南四湖水质受到人们的广泛关注。本文根据2006—2015年南四湖水质空间分布90个点位的监测数据,选用水质综合污染指数、综合水质标识指数和主成分分析3种评价方法,对南四湖不同监测点位、年际和春秋季的水质变化趋势进行综合评价与比较分析,同时对调水后南四湖湖区及输水航道水质的变化趋势进行综合分析。研究表明:（1）3种方法均反映了2006—2015年南四湖水质总体上得到大幅度改善,水质整体达标。根据水质综合污染指数法,水质综合污染指数P由1.75下降至0.89,水体状况为基本达标,春、秋季水质变化趋势一致,且春季改善效果好于秋季;根据综合水质标识指数法,综合水质标识指数I由4.620下降至3.200,水质达到Ⅲ类标准,水质达标率达到97%以上;基于主成分分析法,南四湖湖区的主要污染因子N、P占首要地位,其次是有机物污染,对南四湖水质的排序与上述2种评价方法结果相同,秋季水质改善效果起伏变化较大。（2）与2006年11月相比,2015年10月南四湖水质指标CODCr、CODMn、T-P、T-N和NH3-N的下降率分别为47%,-3%,36%,60%和80%。春季CODCr浓度平均值略高于秋季,是秋季的1.02倍。秋季CODMn、T-P、T-N和NH3-N浓度平均值均高于春季,分别为春季的1.04,1.36,1.08和1.07倍。南四湖水质由北向南逐渐变好,部分区域的水环境质量仍需进一步提升。到2015年10月南四湖水质最差的监测点位主要集中在南阳湖区和新薛河、薛城小沙河以及潘庄河入湖河口附近区域,水质最好的监测点位主要为昭阳湖（下）和微山湖。从南四湖全湖范围来看,CODCr、CODMn、T-P、T-N和NH3-N水质指标自北向南水质逐渐变好,在昭阳湖（下）的北部和微山湖北部有波动起伏。（3）2015年10月与2013年10月相比,南四湖湖区NH3-N浓度总体下降率达56%,T-P浓度总体下降率达28%,T-N浓度总体下降率达22%;南四湖输水航道NH3-N浓度总体下降率达40%,T-P浓度总体下降率达11%,T-N浓度总体下降率达31%。南四湖湖区及输水航道水质总体上有较大幅度改善,水质的持续改善效果显著。依据南四湖湖区与输水航道水质对比分析得到,2013年10月—2015年10月南四湖湖区与输水航道的5项水质指标和水质综合污染指数P的变化趋势基本一致,水质得到持续改善,NH3-N、T-P和T-N浓度显著下降。南四湖湖区的CODCr和CODMn的下降率略高于输水航道;T-P、T-N、NH3-N和电导率的下降率低于输水航道。但湖区与输水航道水位和透明度变化趋势相反,电导率的变化趋势差异较大,溶解氧变化趋势具有一致性。