解淀粉芽胞杆菌生物活性差异比较和基因组分析初步研究

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解淀粉茅胞杆菌是一种与枯草芽胞杆菌亲缘性很高的细菌,其在自然界中分布十分广阔,能够对多种病原真菌和细菌产生抑制作用,并且在生长过程中可以产生丰富的代谢产物。因此,解淀粉芽胞杆菌在生物防治方面具有良好的应用前景,并且随着分子研究技术的提高,解淀粉芽胞杆菌的基因功能更多地被人们了解。已有研究显示同为芽胞杆菌其抑菌作用机制存在着显著不同,本试验通过比较8株芽胞杆菌的形态,生物活性,生物被膜形成能力的等筛选出4株差异较明显的茅胞杆菌菌株,进一步利用Solexa Genome Analyzer技术对所选菌株进行全因组测序,比较不同芽胞杆菌菌株基因组的差异性和相似性;采用比较基因组学的方法,分析主要抗菌物质在基因组上的差异和进化关系。具体结果如下:(1)结合16s rRNA和gyrB基因同源序列比对分析鉴定,将8株芽胞杆菌鉴定为解淀粉芽胞杆菌。(2)观察测量了8株茅胞杆菌的菌体大小、茅胞形成情况的等,通过统计学分析,结果显示8株茅胞杆菌不仅菌落形态各异,并且其菌体大小差异显著,最大菌株JT81与最小菌株JT261和T457相差1.3μm。(3) 比较了8株芽胞杆菌分泌的蛋白酶、几丁质酶及嗜铁素活性差异,及其拮抗能力差异,结果显示,8株芽胞杆菌均不产几丁质酶;其中JT261和T455具有较强的分泌蛋白酶能力、JT84具有较强的分泌嗜铁素能力;JT81和T429形成生物膜能力较强;JT81具有较强的抑菌活性,T455分泌物质具有较强的抑菌活性。(4)通过比较8株芽胞杆菌的形态及生物活性,主要参考胞外抑菌物质的抑菌活性差异,筛选出4株解淀粉芽胞杆菌JT57、JT301、T429、T455。(5) 利用Solexa Genome Analyzer技术对所筛选菌株进行全因组测序,将测序结果运用SOAPdenovo软件进行多k-mer值拼接,将拼接结果进行排序绘制全基因组的结构草图,然后设计引物PCR填补gap,用来绘制4株芽胞杆菌基因组的精细图。(6)运用比较基因组学方法分析4株芽胞杆菌及其主要抗菌物质在基因组上的差异和进化关系,通过比较发现Itutin基因簇结构不同,JT57结构类似杆菌霉素L,JT301等三个菌株结构与Itutin相同。
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