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洋葱（Allium cepa L.）属于世界性蔬菜,其生产面积居第三位,是我国主要的栽培和出口蔬菜。目前生产上应用的杂交种主要以引进国外杂交品种为主,生产成本居高不下。洋葱是具有明显杂种优势的蔬菜,选育一代杂交种是洋葱育种的主要方向。但是,由于洋葱是2年生植物,利用传统方法选育不育系周期长,而且成功率小,因此本研究围绕洋葱细胞质雄性不育系的选育和杂种优势的利用,分别对洋葱种质资源的遗传多样性以及雄性不育系分子标记的筛选等方面进行了研究,结果如下:以CTAB法提取洋葱基因组DNA,经过检验,适合RAPD分析的需要。建立了洋葱适宜的RAPD反应体系:总反应体积为25μL,其中包括14.17μL ddH2O,150μmol/L dNTP,2.0μmol/L MgCl2,2.5μL Buffer,0.5μmol/L引物,20ng DNA模板,1.5U Taq DNA聚合酶。反应程序为:94℃预变性5min,94℃变性1min,36℃退火1min,72℃延伸1.5min;45个循环;最后72℃延伸7min。利用RAPD技术对50份洋葱种质资源的遗传多样性进行了分析。从480个随机引物中筛选出10个引物,共扩增出81个位点,其中多态性位点33个（40.74%）。聚类结果表明,这些品种的遗传距离聚类范围相对较小,分布在0.042～0.269之间,在遗传距离GD值为0.168水平上,这些品种聚成了6大类。RAPD标记揭示出这50份洋葱品种遗传变异较小,遗传基础比较狭窄。根据文献报道设计引物序列,对洋葱细胞质雄性不育系S110、S118及其保持系N210、N218进行PCR扩增,结果表明:引物只在S110和S118中扩增出339bp的片段,而N210和N218中没有扩增产物。用这对引物验证了10套以上不育系及其可育系个体,结果与通过田间观测有无花粉区分不育系及可育系的结论相吻合,证明了应用这对引物可以准确区分洋葱细胞质雄性不育系及其保持系。