青藏高原地处亚洲中部，位居中国的西南部，有独特的高原性气候，它为生物学及相关学科的研究，提供了理想的实验材料。尼泊尔黄堇作为一种藏药材，近年来，随着青藏高原生态环境极度恶化及人类不断的开采与破坏，尼泊尔黄堇已经趋于濒临灭绝的状态。尼泊尔黄堇是青藏高原重要的植被之一，研究其根际土壤微生物的群落结构和功能多样性，对保护和人工种植尼泊尔黄堇具有重要的生态学意义，首次获得尼泊尔黄堇根际独特的微生物资源，并对鉴定及建立微生物资源库提供了理论数据。本研究选取了11个来自不同海拔、经纬度的根际土壤样品，通过Real time QPCR、Biolog技术及高通量测序，结合土壤理化性质的分析，对尼泊尔黄堇根际土壤微生物分布规律及多样性进行了研究，得出以下主要结论：1.整个研究区域根际土壤pH属于中性，中部的pH普遍大于东西面，介于6.7-7.7之间，其中，最低pH值出现在经度为82.18.828，为6.74，最高pH值出现在经度为86.35.064，为7.68。从西到东，土壤C/N的值形成逐渐减小的趋势，土壤电导率也明显地减少。这些指标共同指征随着经度的推移，土壤由东到西趋于贫瘠化。2.荧光定量PCR研究结果表明：定量随着经度跨度，从西到东跨越15个经度的11个样点，西藏尼泊尔黄堇根际细菌的基因拷贝数的变化范围为9.64E+09～8.18E+08，依次呈减少的趋势。随着经度跨度，西藏尼泊尔黄堇根际古菌的基因拷贝数变化范围为：1.22E+05～2.89E+07，依次呈增加的趋势。西藏尼泊尔黄堇根际真菌的基因拷贝数变化范围为：2.44E+06～7.22E+04，依次呈减小的趋势；并且真菌的基因拷贝数与与地上生物量呈显著负相关。总体上形成细菌丰度>古菌丰度>真菌丰度的变化态势；并且微生物的总体基因拷贝数从西到东呈现减小的趋势。根际微生物的三个主要组成部分，细菌、古菌、真菌的基因拷贝数随着经度呈现出不同的趋势，除了环境因子的影响之外，也在一定程度上表明微生物群落形成的复杂性，存在着种内竞争或者互作的现象。3. Biolog实验表明：青藏高原尼泊尔黄堇根际微生物不同群落利用六大类碳源：单糖/糖苷、氨基酸类、酯类、醇类、胺类、酸类的能力都不同，11个采样点的微生物群落的优势碳源都不同。在本研究中，土壤理化因子包括电导率和TDS，土壤C/N的比例，三者对于土壤根际微生物利用六大类碳源的能力，都呈现出显著正相关性，即都具有促进作用。经过对培养时间与微生物数量结果的分析，发现在培养时间在72h时，微生物的平均吸光值（AWCD）处于稳定状态，而经相关性分析得到与pH呈显著负相关，说明微生物多样性指数主要受到土壤pH的影响，而不是随地域差异而发生变化。土壤微生物群落多样性指数包括丰富度指数（Diversity H）和均匀度指数（Diversity U），经相关性分析得到Diversity U与TDS及C/N呈显著正相关，充分说明不同样点的微生物均匀度受土壤理化因子的影响。diversity U与土壤C/N具有显著正相关，说明当碳含量高，而氮含量低时，更促进根际微生物的代谢活性，也就更利于地上植物尼泊尔黄堇的生长。研究结果表明：尼泊尔黄堇根际微生物的多样性和基因丰度相比，更易受到土壤理化性质的影响，而非经度等地理跨度的影响。4.高通量测序结果表明：香浓指数随着经度的不同，由西到东逐渐增大，而ReadNumber、OUT、chao1、辛普森指数在样点5处达到了最高点，说明样点5中物种的丰富度达到了最高点。从西到东，随着经度的逐渐增大，酸杆菌门（Acidobacteria）的数目逐渐增大，拟杆菌门（Bacteroidetes）的数量逐渐减小；并且在样点1和样点2中酸杆菌门的数目明显低于拟杆菌门，而在样点3中酸杆菌门和拟杆菌门的数目发生了明显的改变，首次酸杆菌门的数目超越了拟杆菌门的数目，甚至在样点4中，也依然是酸杆菌门相对于拟杆菌门占有很大的优势，这种优势也存在于样点5和样点11中，因此在地理空间跨度很大的情况下，微生物群落菌门呈现出了相对显著的趋势，说明地理格局或不同的环境因子影响着微生物的数目及种类的多少，也许会存在种内竞争和种内互助的关系。研究结果表明，从整个采样点来看，西藏尼泊尔黄堇根际微生物群落中的优势菌门为酸杆菌门（Acidobacteria）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、变形菌门（Proteobacteria）、放线菌门（Actinobacteria）。