细菌人工染色体-荧光原位杂交(BAC-FISH)是近年来新兴的一门细胞分子生物学技术。借助于BAC-FISH技术，以染色体特异的BAC探针标记特定染色体，以适宜的时期的分裂相(有丝分裂中期或减数分裂粗线期)进行核型分析，有望解决以往棉属染色体核型分析的种种困难，进一步确定与连锁群对应的棉属染色体物理序号。这对棉花育种研究具有重要的理论和实践意义。本研究的实验结果总结如下： 1.为获得染色体特异的BAC探针，本研究构建了基于菌液PCR和二维交叉实验的BAC文库筛选体系。从BAC文库的3456个克隆中，共筛选出12个阳性克隆，涉及13条染色体，9个SSR标记。 2.成功构建了BAC-FISH技术体系，探讨了BAC-FISH技术的关键步骤，包括BACDNA探针的纯度和浓度；探针的标记方法和标记时间；探针和染色体DNA杂交时，靶DNA的变性条件；BACDNA中重复序列的封阻方法和封阻条件等。 3.筛选出含有近着丝粒的SSR标记的BAC克隆，获得了两个棉花着丝粒相关探针：BAC克隆150D24和BAC克隆160C3。前者四倍体和二倍体BAC-FISH图像显示，该探针系D(亚)组着丝粒探针，但在A(亚)组着丝粒处无明显信号；后者在四倍体A亚组着丝粒处信号较强，在D亚组着丝粒处有微弱信号。 4.筛选出含有近端部的SSR标记的BAC克隆，获得了一个棉花端粒相关探针：BAC克隆148C1。该探针在四倍体A亚组染色体上杂交信号较强且覆盖了染色体的末端，在四倍体D亚组染色体部分染色体上仅末端有杂交信号；该探针与二倍体A组染色体的BAC-FISH图像显示，染色体末端的杂交信号明显强于中部。 5.已筛选的其它阳性单克隆的BAC-FISH实验结果显示：在未封阻的情况下，棉花BAC-FISH获得特异信号的两种情况：一是BAC探针来源D亚组染色体；二是BAC探针来源染色体高度重组区即染色体端部。个别BAC探针的杂交结果还显示出其含有的重复序列有些是基因组特异的，等等。 6.四倍体中期染色体BAC-FISH图像的核型分析初步探讨结果显示：BAC信号的产生使得进行中期染色体同源配对相对容易，但仍然不能克服棉属染色体个体小、形态相近造成的染色体排序的困难。针对这些困难，本研究提出了核型分析的建议。