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目的： 观察及评价八卦理论选穴和针灸理论选穴的杵针治疗对慢性疲劳综合征（Chronic Fatigue Syndrome,CFS）的临床疗效，并比较两者差异，验证《易经》八卦理论是否可以指导选穴治疗CFS。 方法： 采用随机、对照的临床研究方法，将符合纳入标准的72例CFS受试者随机分为A组（八卦理论选穴组）和 B组（针灸理论选穴组）。按不同的取穴理论取穴，A组取穴百会、太冲、涌泉、肾俞，B组取穴取神庭、内关、三阴交、心俞。两组均运用杵针治疗，两组均每日1次，每周治疗5次，疗程均为2周，共治疗10次。以疲劳严重程度量表(Krupp Fatigue Severity Scale,FSS)、躯体及心理健康报告（ Somatic and Psychological Health Report,SPHERE）和健康状况调查简表(Medical Outcomes Survey Short Form-36，MOS SF-36）为疗效评价指标。分别于入组时、治疗结束、治疗结束后4周随访3个时间点评价不同组杵针治疗CFS的临床疗效。 结果： （1）两组受试者基线一致，具有可比性(P>0.05)。 （2）组内比较：两组受试者治疗前、后FSS量表、SPHERE量表、MOS SF-36量表评分相比均有显著统计学差异（P<0.01），FAS集分析和PP集分析结果一致；两组受试者治疗前、随访时FSS量表、SPHERE量表、MOS SF-36量表评分相比均有显著统计学差异（P<0.01），FAS集分析和PP集分析结果一致；两组受试者随访FSS量表、SPHERE量表、MOS SF-36量表评分改善较治疗后降低，且统计学有显著差异（P<0.01）， FAS集分析和PP集分析结果一致。 （3）组间比较：两组治疗结束时以及随访（治疗结束后4周）FSS量表、SPHERE量表、MOS SF-36量表改善值、临床疗效组间无统计学差异（P>0.05），且FAS集分析与PP集分析结果一致。 结论： 1.八卦理论所选腧穴与针灸理论所选腧穴均能治疗CFS，且两者临床疗效无差异。 2.基于《易经》八卦理论选穴的杵针治疗CFS近期疗效显著，八卦理论可用于指导CFS的针灸临床选穴。 3.杵针治疗CFS，安全、有效且受试者依从性高，是改善CFS的有效手段，值得重视和推广。