小麦CIPK基因家族鉴定与分析

来源 :华中科技大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:jxhxf0
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
干旱、高盐、低温等不利环境因素严重影响植物的正常生长发育。为应对这些不利环境因素,植物在长期的进化过程中形成了一系列响应机制,其中钙离子作为第二信使,在植物响应非生物逆境胁迫的信号传导过程中发挥重要作用。钙调磷酸酶-B类似蛋白(Calcineurin B-like protein, CBL)是植物特有钙离子识别受体蛋白,通过与其互作的激酶蛋白(CBL-interacting protein kinase, CIPK)作用激活后者,进而磷酸化修饰下游靶分子,启动下游一系列响应机制。在模式植物拟南芥中,有关CIPK在响应非生物逆境胁迫中功能的研究报道较多。然而,在重要的粮食作物小麦中,关于CIPK基因的鉴定工作进展缓慢,功能分析也少有报道。小麦具有异源六倍体基因组,其基因组相对于二倍体植物更加庞大、复杂。虽然目前小麦基因组测序工作取得了重大进展,但是还不能提供完整的小麦基因组序列和物理图谱。本研究采用了多种分析方法,对小麦CIPK全基因家族进行了鉴定,共发现79个TaCIPK基因,归属为29个基因簇,并最终从这些基因簇中克隆到20个代表性的基因。在此基础上,我们系统分析了CIPK基因的组织特异性、逆境响应表达谱;研究了TaCIPK与TaCBL的相互作用关系;分析了TaCIPK24在转基因拟南芥中对高盐胁迫响应中的作用;利用基因枪法获得过表达TaCIPK10和TaCIPK10-RNAi的转基因小麦植株;并利用生物信息学方法对小麦CIPK在种子萌发和成熟花粉中的功能进行预测。主要研究结果如下:1)利用生物信息学方法在小麦基因组中成功鉴定了79个TaCIPK基因,将其分为29个基因簇,每个基因簇中的基因为异源基因组染色体上的等位基因,序列高度相似。基因结构分析结果显示,42个TaCIPK基因可以鉴定到完整的结构信息,其中23个基因不含内含子结构,3个基因含有一个内含子,其余16个基因含有5-14个内含子。通过比较乌拉尔图小麦、粗山羊草与小麦相对应的亚基因组CIPK基因序列,结果发现在相应的CIPK基因序列区域间存在高度相似性,但也有一定的差异,现阶段的小麦基因组数据还不能确定CIPK基因家族在六倍体化过程中是否发生了基因丢失或复制现象。根据EST拼接结果和基因组中CIPK的序列,设计特异引物,从小麦中共克隆出20个TaCIPK基因。2)利用半定量RT-PCR技术分析了17个TaCIPK基因在10种小麦组织中的表达情况;鉴定了23个TaCIPK基因对应的探针,并利用R语言从公布的小麦基因芯片数据中分析这23个TaCIPK基因在7种组织中的表达情况。结果显示,TaCIPK家族基因在各个组织或时期中的表达量有所不同,反映了它们可能广泛参与了小麦的生长发育过程。利用基因芯片数据进一步分析了23个TaCIPK基因在种子萌发过程的基因表达模式,发现8个TaCIPK基因在种子萌发过程表达量有显著变化,进一步利用半定量RT-PCR技术对这一结果进行了确证。在花粉发育过程中,不同TaCIPK基因的表达模式也存在较大差异,其中6个TaCIPK基因只在成熟花粉中有高量表达,暗示它们可能在花粉萌发或者花粉管伸长过程中发挥功能。利用半定量RT-PCR技术分析了17个TaCIPK基因在ABA, GA, MeJA, ACC,低温,PEG, H2O2, NaCl和高温处理后小麦根和叶中的表达模式,并随机选取5个基因(TaCIPK7,TaCIPK15, TaCIPK24, TaCIPK31和TaCIPK32),利用实时荧光定量RT-PCR法分析了它们响应ABA, PEG,低温,H2O2和NaCl处理的表达模式。结果表明,不同的TaCIPK基因可以不同程度地对激素信号和非生物逆境胁迫进行响应。3)利用酵母双杂交方法分析鉴定了7个TaCBL与20个TaCIPK蛋白相互作用模式,从中随机选择了7个组合利用双分子荧光互补法在烟草表皮细胞中进行验证。将TaCIPK1蛋白C-端序列进行系列删除(保留NAF结构域),结果显示,删除突变体与TaCBL的结合模式发生变化,说明TaCIPK蛋白C-端除NAF模体外的序列也对与TaCBL的结合发挥作用。我们认为这些侧翼序列主要是通过改变C-端空间构象影响与TaCBL的结合,并提出了CBL-CIPK结合的“凹凸”模型。根据此模型推断,小麦亚基因组上TaCIPK等位基因在C-端的序列的变异可能导致与TaCBL的结合的改变,并利用TaCIPK17-A和TaCIPK-17B1分别与TaCBL的相互作用验证了这一推论。这些结果说明小麦CBL-CIPK调控网络的复杂性,为CBL与CIPK的结合机制研究提供了参考。4)发现在拟南芥中过表达TaCIPK24可以增强拟南芥转基因植株对高盐胁迫的耐受能力。测量了盐处理后拟南芥植株中Na+和K+含量,结果显示,K+含量在转基因和对照组中没有明显差异,而转基因植株明显比对照积累更少的Na+。TaCIPK24可能是通过激活拟南芥的SOS途径,促进排出更多的Na+从而减少过量Na+对拟南芥植株造成的损害。我们发现与对照相比,TaCIPK24过表达的转基因拟南芥可以积累更少的活性氧物质。进一步测定过氧化氢酶、过氧化物酶和超氧化物歧化酶的酶活力的结果显示,转基因植株可能还激活了过氧化物清除系统,从而降低高盐胁迫造成的氧化损伤。5)利用加权共表达网络分析法,构建了小麦种子萌发和花粉发育过程中TaCIPK基因相关的共表达网络。基因功能富集分析结果显示,8个TaCIPK基因在种子萌发时期参与到了碳水化合物代谢、脂类代谢和核小体组装等过程;6个在成熟花粉中特异性高量表达的TaCIPK基因参与到了应激反应、糖代谢、氮代谢、电子传递和离子转运过程。6)组织表达分析发现,TaCIPK10基因在叶片中的表达量明显高于其它组织,使用皮尔森相关系数法筛选到的65个基因与TaCIPK10表现出相同的表达模式;没有发现除TaCIPK10基因外的其它TaCIPK基因与TaCIPK10有相似表达模式,且其它CIPK基因存在功能互补的可能性较小,暗示着TaCIPK10可能发挥着比较特殊的功能。此外我们发现TaCIPK10可以被多种激素和非生物逆境胁迫诱导表达。为研究TaCIPK10的功能,我们构建了TaCIPK10过表达和TaCIPK10-RNAi载体,利用基因枪法转化中国春小麦,获得了8个TaCIPK10过表达转基因小麦株系和9个TaCIPK10-RNAi转基因小麦株系,为后续功能研究工作奠定了基础。
其他文献
现如今,随着我国经济的飞速发展,水利水电工程也迅速发展起来。在水利工程施工中,需要大量的资金和人力,而且一项水利工程需要运行几十年甚至上百年,所以水利水电工程质量非
现阶段,我国正处于社会转型的攻坚期,产业结构不断调整,生态环境压力越来越大。畜牧业作为我国的重要产业,在快速发展中虽然促进了农民的收入增加,但是随之而来的是各种暴露
建筑裂缝不仅种类繁多,形态各异,而且较为普遍。轻微者建筑物美观,造成渗漏水,严重者降低建筑结构的承载力、刚度、稳定和整体性、耐久性,甚至会导致倒塌的重大质量事故。因
作为一个典型的雨养农业地区,我国黄土高原地区农业生产的可持续发展不断面临着水分亏缺和土壤贫瘠所带来的挑战。夏闲期种植并翻压绿肥作物不仅可以有效培肥地力、促进后茬
遥感技术(Remote Sensing,RS) 兴起于20世纪60年代,是指在高空和外层空间的各种平台上,运用各种传感器(如摄影仪、扫描仪和雷达等)获取地表的信息,通过数据的传输和处理,从而
针对单项工作时间、质量和项目整体质量约束,如何实现航天器发射工期和质量最优的问题,构筑了质量与时间关系模型,建立了基于粒子群和遗传策略对航天器发射工艺流程进行工期
矿产资源大面积开采或不规范开采均会对环境尤其是地质环境造成严重影响, 同时可威胁到一线采矿工 人及居民的的健康.本文讨论了在生产中矿山开采给环境造成的影响, 探索了防
公路隧道根据防灾和营运时需要,在人行横通道内都有必要设置防火门。提出了一种新型的防火门,并且阐述了其开启方式、结构型式、工作原理。这种全新的结构型式,火灾时能够真正起
回 回 产卜爹仇贱回——回 日E回。”。回祖 一回“。回干 肉果幻中 N_。NH lP7-ewwe--一”$ MN。W;- __._——————》 砧叫]们羽 制作:陈恬’#陈川个美食 Back to yield