本论文选取长江上游两种鮈亚科鱼类——蛇鮈和圆口铜鱼为研究对象，分析它们的种群分化问题。采用细胞色素b基因测序和微卫星分析方法分别分析了蛇鮈和圆口铜鱼群体之间的遗传分化状况，为长江上游鱼类生物多样性的形成机制和保护提供基础资料。本研究主要得到以下结果：　　 1.对来源于长江上游宜宾、赤水、木洞三个地点，共74尾蛇鮈样本，测定了线粒体细胞色素b(cytb)基因序列。并以鮈亚科的似鮈(Pseudogobio vaillanti)为外类群，通过邻接法(NJ)和贝叶斯(BI)法构建系统发育树。结果表明，所有个体的cytb基因全长为1140bp，NJ树和BI树的结果基本一致；长江上游蛇鮈鱼类包含三个不同的谱系，其中谱系一主要分布于木洞；谱系二与谱系三分布于宜宾和赤水；分子方差分析显示，谱系二与谱系三的宜宾、赤水种群均不存在地理种群的分化。　　 2.利用两个微卫星位点对不同繁殖时间的圆口铜鱼幼鱼群体进行分析。利用群体间的遗传距离构建UPGMA树，结果表明不同群体的圆口铜鱼幼鱼明显聚成两大分支。FsT统计检验表明两个分支之间存在着显著性差异，说明圆口铜鱼幼鱼的群体在遗传上产生了分化。　　 研究结果表明，长江上游鱼类生物多样性非常复杂，其保护问题应加以特别重视。